149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0759 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 948 aa  1969    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.63 
 
 		 970 aa  450  1e-125  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  31.98 
 
 		 965 aa  442  9.999999999999999e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  32.43 
 
 		 968 aa  421  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  31.89 
 
 		 922 aa  409  1.0000000000000001e-112  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  32.63 
 
 		 986 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  32.79 
 
 		 918 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  30.97 
 
 		 944 aa  404  1e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  32.09 
 
 		 1540 aa  402  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.29 
 
 		 962 aa  392  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  30.32 
 
 		 943 aa  347  8.999999999999999e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  30.58 
 
 		 905 aa  339  9.999999999999999e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  30.33 
 
 		 887 aa  330  7e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  31.48 
 
 		 929 aa  328  3e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  31.49 
 
 		 899 aa  324  5e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.74 
 
 		 885 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  32.17 
 
 		 854 aa  313  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  32.36 
 
 		 908 aa  306  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  30.83 
 
 		 901 aa  300  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.99 
 
 		 944 aa  295  2e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  30.07 
 
 		 927 aa  291  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.08 
 
 		 971 aa  282  2e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  32.21 
 
 		 879 aa  279  1e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  29.27 
 
 		 832 aa  273  1e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  29.56 
 
 		 860 aa  251  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  31.65 
 
 		 921 aa  250  8e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  29.55 
 
 		 899 aa  244  5e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.25 
 
 		 892 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  29.39 
 
 		 919 aa  243  1e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  30.37 
 
 		 854 aa  237  6e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  31.31 
 
 		 912 aa  232  2e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  29.88 
 
 		 915 aa  232  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  33.75 
 
 		 907 aa  226  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  27.62 
 
 		 823 aa  224  4e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  29.57 
 
 		 904 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  29.7 
 
 		 912 aa  224  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  28.06 
 
 		 933 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  29.3 
 
 		 860 aa  221  5e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  29.45 
 
 		 906 aa  221  6e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  27.21 
 
 		 897 aa  218  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.25 
 
 		 897 aa  216  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  28.85 
 
 		 871 aa  216  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.05 
 
 		 837 aa  209  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  31.43 
 
 		 701 aa  209  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  31.81 
 
 		 908 aa  208  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  27.5 
 
 		 899 aa  209  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  28.22 
 
 		 885 aa  207  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  26.06 
 
 		 899 aa  207  8e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  27.7 
 
 		 892 aa  206  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  33.25 
 
 		 883 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  26.24 
 
 		 887 aa  201  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  26.24 
 
 		 887 aa  199  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  27.53 
 
 		 871 aa  199  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  31.08 
 
 		 888 aa  197  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  27.27 
 
 		 897 aa  194  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.17 
 
 		 920 aa  192  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  30.71 
 
 		 888 aa  191  4e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  30.71 
 
 		 888 aa  191  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  26.94 
 
 		 881 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  31.84 
 
 		 594 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  27.07 
 
 		 887 aa  173  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  25.56 
 
 		 876 aa  171  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  27.38 
 
 		 868 aa  168  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  26.24 
 
 		 888 aa  156  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  24.65 
 
 		 857 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  31.33 
 
 		 729 aa  146  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.24 
 
 		 885 aa  145  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  30.91 
 
 		 737 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  27.76 
 
 		 456 aa  124  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  27.59 
 
 		 741 aa  118  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 		 764 aa  113  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  27.14 
 
 		 781 aa  110  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  27.78 
 
 		 762 aa  108  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  25.32 
 
 		 763 aa  107  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  26.26 
 
 		 807 aa  106  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  28.65 
 
 		 736 aa  103  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  27.55 
 
 		 741 aa  101  8e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  25.84 
 
 		 783 aa  100  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  27.2 
 
 		 779 aa  100  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  27.14 
 
 		 750 aa  100  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  27.23 
 
 		 801 aa  100  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  23.54 
 
 		 778 aa  99.4  3e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  25.79 
 
 		 750 aa  97.4  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  27.4 
 
 		 795 aa  97.1  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  25.19 
 
 		 917 aa  95.5  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  26.32 
 
 		 744 aa  93.2  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  25.56 
 
 		 804 aa  91.7  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  25.83 
 
 		 1027 aa  91.3  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  27.84 
 
 		 775 aa  88.6  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  26.96 
 
 		 729 aa  87.8  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  23.65 
 
 		 726 aa  85.1  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  26.77 
 
 		 811 aa  82.8  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  22.27 
 
 		 791 aa  79.3  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  38.21 
 
 		 799 aa  77.4  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  22.69 
 
 		 827 aa  74.7  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2808  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  31.62 
 
 		 933 aa  73.2  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  22.76 
 
 		 873 aa  72.8  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  21.34 
 
 		 800 aa  70.9  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0308  CRISPR-associated helicase Cas3  35.05 
 
 		 777 aa  69.3  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  26.18 
 
 		 765 aa  69.7  0.0000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>