More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3501 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3501  integrase family protein  100 
 
 		 309 aa  633    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1515  integrase family protein  69.13 
 
 		 308 aa  434  1e-120  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1619  integrase family protein  37.62 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3692  integrase family protein  39.3 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.859862 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  38.95 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1095  phage integrase  44.91 
 
 		 242 aa  176  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0214  site-specific recombinase XerD  44.44 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1863  integrase family protein  40.91 
 
 		 347 aa  166  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  32.07 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  33.55 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  33.55 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  33.55 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6221  site-specific recombinase XerD-like protein  52.11 
 
 		 142 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3052  phage integrase  50.32 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.378569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_63  site-specific recombinase, phage integrase family  29.01 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0116  site-specific recombinase XerD-like  46.83 
 
 		 127 aa  115  7.999999999999999e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.5944 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0056  phage integrase family protein  30.21 
 
 		 332 aa  113  3e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  24.58 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  27.08 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  29.49 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  30.5 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.78 
 
 		 299 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  26.74 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  29.54 
 
 		 332 aa  94.4  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  27.52 
 
 		 311 aa  93.2  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1360  integrase/recombinase  23.13 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6099899999999998e-31 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0872  phage integrase family protein  26.48 
 
 		 324 aa  91.7  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0900  integrase  25.76 
 
 		 322 aa  91.7  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000819417  hitchhiker  0.000000626468 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.41 
 
 		 304 aa  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  23.51 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  29 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  27.66 
 
 		 301 aa  89.4  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1316  integrase/recombinase  26.6 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.718184  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2420  integrase family protein  25.44 
 
 		 335 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0132691 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  26.45 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.48 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  28.15 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 347 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1434  phage integrase family protein  25.17 
 
 		 322 aa  87.4  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  28.2 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  26.62 
 
 		 345 aa  87.4  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  28.35 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  25.9 
 
 		 349 aa  87.4  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0669  integrase-recombinase  20.95 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1283  phage integrase family protein  23.22 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000135681  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  23.76 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  28.35 
 
 		 306 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  26.43 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  28.1 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  27.82 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  28.91 
 
 		 300 aa  86.3  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  23.64 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2981  integrase family protein  26.03 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3924  integrase family protein  27.12 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.733894 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  25.26 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0196  integrase family protein  30.36 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000565414 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  27.67 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1994  integrase family protein  28.44 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000947418  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  23.1 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  27.66 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  25.96 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  26.69 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.29 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  24.14 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  25.46 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.31 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  23.02 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  25.32 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  27.97 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3738  prophage LambdaBa03, site-specific recombinase, phage integrase family  23.9 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000543556  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  27.92 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  23.67 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  23.66 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  22.79 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  21.48 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  29.48 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  26.3 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  26.42 
 
 		 308 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  27.24 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  28.52 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  24.41 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  26.37 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  26.37 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  26.37 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.15 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.48 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  26.06 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.73 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.31 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0306  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.73 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  25.91 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1924  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.7 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0242507  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  28.01 
 
 		 342 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.41 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1918  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.7 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.41 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>