More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1870 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
337 aa  652    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  61.19 
 
 
339 aa  364  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  47.34 
 
 
318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.5 
 
 
333 aa  238  1e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.87 
 
 
324 aa  210  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.82 
 
 
317 aa  194  2e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  36.81 
 
 
316 aa  179  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.83 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  39.49 
 
 
323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  40.13 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.6 
 
 
319 aa  162  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
317 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.62 
 
 
327 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  34.64 
 
 
332 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.45 
 
 
317 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  37.45 
 
 
317 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.45 
 
 
317 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.43 
 
 
327 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.13 
 
 
319 aa  135  8e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.01 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.08 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
318 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
335 aa  125  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.01 
 
 
316 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.71 
 
 
317 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  35.75 
 
 
333 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.97 
 
 
318 aa  122  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.14 
 
 
334 aa  122  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
332 aa  122  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
319 aa  122  9e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.92 
 
 
317 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.25 
 
 
339 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  32 
 
 
318 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.67 
 
 
324 aa  118  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.85 
 
 
324 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
322 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
360 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.94 
 
 
320 aa  115  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.8 
 
 
339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.16 
 
 
313 aa  113  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.1 
 
 
328 aa  112  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.24 
 
 
321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.38 
 
 
332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.42 
 
 
322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.44 
 
 
336 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.13 
 
 
318 aa  109  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
322 aa  109  7.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.29 
 
 
326 aa  108  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.47 
 
 
325 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.91 
 
 
313 aa  105  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.92 
 
 
320 aa  105  8e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.56 
 
 
320 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  35.14 
 
 
238 aa  102  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.66 
 
 
327 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.23 
 
 
334 aa  99  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.04 
 
 
324 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.74 
 
 
322 aa  96.7  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.46 
 
 
329 aa  95.1  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.51 
 
 
325 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.8 
 
 
335 aa  95.1  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.24 
 
 
334 aa  94.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.98 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.54 
 
 
314 aa  92.8  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  36.55 
 
 
327 aa  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.32 
 
 
265 aa  89.7  7e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  30.65 
 
 
327 aa  89  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.55 
 
 
317 aa  88.6  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 
324 aa  89  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
337 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  22.95 
 
 
317 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0823  hypothetical protein  26.36 
 
 
251 aa  87  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.64 
 
 
240 aa  87  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.39 
 
 
321 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.25 
 
 
336 aa  87  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.49 
 
 
313 aa  86.7  5e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  22.95 
 
 
317 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.62 
 
 
317 aa  86.7  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.82 
 
 
313 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.62 
 
 
317 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.02 
 
 
228 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.26 
 
 
316 aa  85.5  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26 
 
 
317 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  22.62 
 
 
348 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  22.3 
 
 
317 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  22.3 
 
 
317 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  22.62 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.61 
 
 
317 aa  82.4  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.81 
 
 
327 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.6 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.41 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.69 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
314 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  30.37 
 
 
230 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4003  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36 
 
 
221 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.17 
 
 
233 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.23 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.51 
 
 
313 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>