More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1203 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1203  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 367 aa  741    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0971789  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  59.95 
 
 		 366 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  46.03 
 
 		 366 aa  338  9.999999999999999e-92  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  45.21 
 
 		 366 aa  333  2e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1171  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 370 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00934789  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  29.38 
 
 		 375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 		 375 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  27.72 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  28.07 
 
 		 372 aa  159  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.45 
 
 		 376 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 372 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 372 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 372 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 		 374 aa  156  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.89 
 
 		 366 aa  155  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  26.16 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 		 374 aa  153  4e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1009  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 		 369 aa  153  5e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.45 
 
 		 365 aa  153  5e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  25.94 
 
 		 376 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.03 
 
 		 368 aa  153  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 		 367 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 370 aa  152  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  26.16 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.16 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  26.16 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.73 
 
 		 373 aa  152  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  27.17 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.91 
 
 		 366 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.16 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.91 
 
 		 367 aa  151  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.73 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  26.9 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  28.26 
 
 		 368 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.26 
 
 		 368 aa  150  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.56 
 
 		 367 aa  149  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.76 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  27.35 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.49 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.7 
 
 		 381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.89 
 
 		 366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  26.7 
 
 		 381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  27.72 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  26.13 
 
 		 375 aa  147  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  27.54 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  26.61 
 
 		 370 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 		 376 aa  147  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 372 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.64 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 373 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.51 
 
 		 381 aa  146  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.1 
 
 		 366 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.34 
 
 		 366 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 373 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 		 371 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.13 
 
 		 372 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.83 
 
 		 366 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  26.83 
 
 		 366 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 373 aa  145  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.11 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.56 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.7 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.66 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.83 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.95 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.87 
 
 		 375 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  25.33 
 
 		 382 aa  144  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.08 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.47 
 
 		 372 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  26.58 
 
 		 379 aa  143  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 		 368 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  25.94 
 
 		 372 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>