118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0056 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  100 
 
 		 301 bp  597  1e-169  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  83.12 
 
 		 308 bp  182  4e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  83.21 
 
 		 304 bp  170  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  83.46 
 
 		 306 bp  163  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  86.11 
 
 		 373 bp  119  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  83.42 
 
 		 301 bp  107  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  80.83 
 
 		 315 bp  89.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  83.57 
 
 		 323 bp  87.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  83.57 
 
 		 326 bp  87.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  81.25 
 
 		 315 bp  87.7  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    85.87 
 
 		 330 bp  79.8  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  81.4 
 
 		 357 bp  79.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  81.4 
 
 		 356 bp  79.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  88.57 
 
 		 326 bp  75.8  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  88.57 
 
 		 328 bp  75.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  88.57 
 
 		 317 bp  75.8  0.000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  90.28 
 
 		 339 bp  71.9  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 356 bp  69.9  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 353 bp  69.9  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  88.24 
 
 		 396 bp  63.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  81.12 
 
 		 327 bp  61.9  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 295 bp  61.9  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  91.49 
 
 		 298 bp  61.9  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 332 bp  60  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  100 
 
 		 353 bp  60  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  60  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 233 bp  60  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    100 
 
 		 320 bp  60  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  97.06 
 
 		 422 bp  60  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 364 bp  60  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    91.3 
 
 		 295 bp  60  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 309 bp  58  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 332 bp  58  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  82.8 
 
 		 326 bp  58  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    96.97 
 
 		 344 bp  58  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 333 bp  58  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 333 bp  58  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 285 bp  56  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 354 bp  56  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0005  RNase P class A  96.88 
 
 		 280 bp  56  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 333 bp  56  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 348 bp  56  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0005  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 280 bp  56  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.500328  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 354 bp  56  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 327 bp  56  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 391 bp  56  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 312 bp  56  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 328 bp  54  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 318 bp  54  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 338 bp  54  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 324 bp  54  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2169  RNA component of RNase P  94.29 
 
 		 275 bp  54  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 333 bp  54  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 390 bp  54  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 345 bp  54  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 332 bp  54  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 345 bp  54  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  87.27 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 427 bp  54  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  81.34 
 
 		 359 bp  52  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 378 bp  52  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    96.67 
 
 		 348 bp  52  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 346 bp  52  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 346 bp  52  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 297 bp  52  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 307 bp  52  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  93.94 
 
 		 326 bp  50.1  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    93.94 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0030  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 353 bp  50.1  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 360 bp  50.1  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 335 bp  50.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0071  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 338 bp  50.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0880759  normal  0.202054 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 340 bp  50.1  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  82.95 
 
 		 305 bp  48.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  96.43 
 
 		 361 bp  48.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.43 
 
 		 296 bp  48.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  91.67 
 
 		 337 bp  48.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.43 
 
 		 302 bp  48.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  90 
 
 		 354 bp  48.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  93.75 
 
 		 304 bp  48.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 334 bp  48.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0097  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 346 bp  48.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    100 
 
 		 341 bp  48.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 326 bp  48.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 294 bp  48.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  87.5 
 
 		 299 bp  48.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 348 bp  48.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>