128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_07210 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  100 
 
 		 340 bp  674    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  86.75 
 
 		 353 bp  254  1e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  84.68 
 
 		 345 bp  240  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  90.96 
 
 		 348 bp  234  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  84.92 
 
 		 356 bp  218  8e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  90.32 
 
 		 339 bp  212  5e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  84.75 
 
 		 332 bp  192  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  85.11 
 
 		 328 bp  186  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  88.08 
 
 		 316 bp  186  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  87.57 
 
 		 354 bp  176  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  87.03 
 
 		 326 bp  172  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  86.49 
 
 		 328 bp  165  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  86.7 
 
 		 339 bp  161  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  86.73 
 
 		 309 bp  159  6e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  85.79 
 
 		 317 bp  159  6e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  86.63 
 
 		 427 bp  149  6e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  85.26 
 
 		 348 bp  139  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  92.47 
 
 		 334 bp  129  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  83.68 
 
 		 312 bp  129  5e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  83.15 
 
 		 184 bp  125  9e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  83.51 
 
 		 333 bp  125  9e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  83.59 
 
 		 341 bp  123  3e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  91.95 
 
 		 338 bp  117  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  82.91 
 
 		 354 bp  117  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  80.51 
 
 		 318 bp  115  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  80.51 
 
 		 352 bp  115  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    80.51 
 
 		 352 bp  115  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  83.42 
 
 		 324 bp  115  8.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 369 bp  111  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 325 bp  111  1e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  82.29 
 
 		 337 bp  105  8e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  92.86 
 
 		 306 bp  95.6  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 284 bp  83.8  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  82.31 
 
 		 307 bp  75.8  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    85.23 
 
 		 330 bp  71.9  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    85.23 
 
 		 350 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 283 bp  69.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 281 bp  69.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  83.06 
 
 		 396 bp  69.9  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  82.61 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 303 bp  65.9  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 364 bp  65.9  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  85.19 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 350 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 332 bp  63.9  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  81.56 
 
 		 299 bp  63.9  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    97.14 
 
 		 293 bp  61.9  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  100 
 
 		 966 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 345 bp  60  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  100 
 
 		 378 bp  58  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.97 
 
 		 302 bp  58  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  84.27 
 
 		 350 bp  58  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 354 bp  58  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 305 bp  58  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  96.88 
 
 		 331 bp  56  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 326 bp  56  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 308 bp  56  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 298 bp  54  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 323 bp  54  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 333 bp  54  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 328 bp  54  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  94.29 
 
 		 313 bp  54  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 391 bp  54  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 312 bp  54  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  80 
 
 		 315 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  94.12 
 
 		 422 bp  52  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 322 bp  52  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    94.12 
 
 		 352 bp  52  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 343 bp  52  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 329 bp  50.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    85.19 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 290 bp  50.1  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 373 bp  50.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 333 bp  50.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 333 bp  50.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 294 bp  50.1  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 357 bp  48.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  90 
 
 		 253 bp  48.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  82.89 
 
 		 326 bp  48.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    96.43 
 
 		 358 bp  48.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0042    90 
 
 		 253 bp  48.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208955  normal  0.577092 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0066  Bacterial RNase P  90 
 
 		 276 bp  48.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00243205  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>