83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0004 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 281 bp  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  94.09 
 
 		 283 bp  359  2.9999999999999997e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0066  Bacterial RNase P  89.03 
 
 		 276 bp  264  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00243205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0002  RNA component of RNaseP  88.61 
 
 		 276 bp  256  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00285057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  91.45 
 
 		 253 bp  153  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0042    90.6 
 
 		 253 bp  145  8e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208955  normal  0.577092 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0002  RNA component of RNaseP  86.78 
 
 		 237 bp  113  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0585787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  97.78 
 
 		 316 bp  81.8  0.00000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  95.83 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 304 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    95.83 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 350 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    95.83 
 
 		 350 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    95.83 
 
 		 347 bp  79.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  95.35 
 
 		 340 bp  69.9  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  97.44 
 
 		 966 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  93.88 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 345 bp  63.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 339 bp  63.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 328 bp  61.9  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  61.9  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 298 bp  58  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 356 bp  56  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 353 bp  56  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 323 bp  56  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 348 bp  56  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 427 bp  54  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 332 bp  54  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 298 bp  54  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.77 
 
 		 302 bp  54  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  88.89 
 
 		 317 bp  50.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 297 bp  50.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0059  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 251 bp  50.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.538739 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 303 bp  50.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 309 bp  50.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 307 bp  50.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 290 bp  50.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 369 bp  48.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 352 bp  48.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 356 bp  48.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    90 
 
 		 352 bp  48.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  90 
 
 		 354 bp  48.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 354 bp  48.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 357 bp  48.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 318 bp  48.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  90 
 
 		 315 bp  48.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 331 bp  46.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 332 bp  46.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 398 bp  46.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 297 bp  46.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 333 bp  46.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 284 bp  46.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 339 bp  46.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 326 bp  46.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 213 bp  46.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 313 bp  46.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 343 bp  46.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 299 bp  46.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 328 bp  46.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>