189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0046 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 427 bp  846    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  91.05 
 
 		 339 bp  236  4.0000000000000004e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 328 bp  194  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  87.17 
 
 		 353 bp  176  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  86.7 
 
 		 356 bp  172  5e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  86.96 
 
 		 354 bp  168  8e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  86.77 
 
 		 348 bp  167  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  86.63 
 
 		 316 bp  165  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  86.63 
 
 		 340 bp  149  8.000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  84.97 
 
 		 348 bp  145  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  86.41 
 
 		 328 bp  143  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  85.11 
 
 		 309 bp  143  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  84.74 
 
 		 345 bp  139  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  84.41 
 
 		 333 bp  139  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  84.86 
 
 		 332 bp  131  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  85.33 
 
 		 326 bp  119  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  80.9 
 
 		 318 bp  113  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  80.9 
 
 		 352 bp  113  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    80.9 
 
 		 352 bp  113  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  90.91 
 
 		 317 bp  111  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  80.81 
 
 		 354 bp  109  6e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  81 
 
 		 334 bp  107  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  89.89 
 
 		 324 bp  105  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  89.77 
 
 		 369 bp  103  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  92.65 
 
 		 342 bp  95.6  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  88.64 
 
 		 341 bp  95.6  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    91.46 
 
 		 358 bp  91.7  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    91.36 
 
 		 303 bp  89.7  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 339 bp  87.7  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  91.18 
 
 		 304 bp  87.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  86.32 
 
 		 338 bp  85.7  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  90.12 
 
 		 303 bp  81.8  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  86.36 
 
 		 337 bp  79.8  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  80.98 
 
 		 312 bp  79.8  0.0000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  80.41 
 
 		 325 bp  77.8  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  89.19 
 
 		 349 bp  75.8  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 304 bp  67.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  87.8 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  95.24 
 
 		 328 bp  67.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    100 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 184 bp  65.9  0.000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 335 bp  65.9  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 322 bp  65.9  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  85.19 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  97.22 
 
 		 293 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 292 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    97.22 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 297 bp  63.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 291 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    85.53 
 
 		 330 bp  63.9  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 284 bp  63.9  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  97.22 
 
 		 294 bp  63.9  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  97.22 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 299 bp  63.9  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  97.22 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  97.22 
 
 		 346 bp  63.9  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  97.22 
 
 		 294 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 294 bp  63.9  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  86.9 
 
 		 285 bp  63.9  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 368 bp  61.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  92.86 
 
 		 347 bp  60  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 302 bp  60  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 386 bp  60  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  92.86 
 
 		 347 bp  60  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 120 bp  60  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 305 bp  60  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 398 bp  60  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 299 bp  60  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  60  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 359 bp  60  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    97.06 
 
 		 296 bp  60  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    97.06 
 
 		 296 bp  60  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  100 
 
 		 350 bp  60  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 299 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.97 
 
 		 359 bp  58  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    96.97 
 
 		 205 bp  58  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 369 bp  58  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  96.97 
 
 		 292 bp  58  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 300 bp  58  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 305 bp  58  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>