192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_AR0068 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 350 bp  694    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    94.57 
 
 		 350 bp  543  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    93.71 
 
 		 347 bp  496  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  95.11 
 
 		 347 bp  482  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  93.14 
 
 		 347 bp  480  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  93.14 
 
 		 347 bp  480  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    93.14 
 
 		 347 bp  480  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  94.81 
 
 		 347 bp  476  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  92.59 
 
 		 350 bp  474  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  94.75 
 
 		 304 bp  470  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  95.06 
 
 		 301 bp  113  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    95.06 
 
 		 301 bp  113  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  95.06 
 
 		 301 bp  113  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  95.06 
 
 		 301 bp  113  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  95.06 
 
 		 301 bp  113  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  95.06 
 
 		 303 bp  113  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  93.83 
 
 		 301 bp  105  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  92.59 
 
 		 301 bp  97.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  92.59 
 
 		 301 bp  97.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 		 303 bp  97.6  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  92.59 
 
 		 301 bp  97.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  92.59 
 
 		 301 bp  97.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  92.59 
 
 		 303 bp  97.6  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  92.59 
 
 		 303 bp  97.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 		 303 bp  97.6  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 		 303 bp  97.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  91.36 
 
 		 301 bp  89.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  97.78 
 
 		 305 bp  81.8  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 283 bp  79.8  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0042    95.83 
 
 		 253 bp  79.8  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208955  normal  0.577092 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 281 bp  79.8  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  95.83 
 
 		 253 bp  79.8  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  100 
 
 		 966 bp  77.8  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0002  RNA component of RNaseP  91.38 
 
 		 237 bp  75.8  0.000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0585787 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  75.8  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 335 bp  73.8  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  95.56 
 
 		 316 bp  73.8  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0066  Bacterial RNase P  93.75 
 
 		 276 bp  71.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00243205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  71.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 318 bp  71.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0002  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 276 bp  71.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00285057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 352 bp  71.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    85.23 
 
 		 352 bp  71.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 339 bp  69.9  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  97.44 
 
 		 292 bp  69.9  0.0000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 345 bp  69.9  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 355 bp  67.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  97.37 
 
 		 302 bp  67.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    97.3 
 
 		 205 bp  65.9  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    97.3 
 
 		 205 bp  65.9  0.000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 427 bp  65.9  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 120 bp  65.9  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 309 bp  65.9  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 359 bp  65.9  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  91.84 
 
 		 369 bp  65.9  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  91.84 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 356 bp  65.9  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 317 bp  65.9  0.000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 298 bp  65.9  0.000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 328 bp  65.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  65.9  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 353 bp  65.9  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    97.22 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  97.22 
 
 		 359 bp  63.9  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 302 bp  63.9  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 386 bp  63.9  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    97.22 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 297 bp  63.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 312 bp  63.9  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 369 bp  63.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 305 bp  63.9  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 307 bp  63.9  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 299 bp  63.9  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 299 bp  63.9  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 342 bp  63.9  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  95 
 
 		 340 bp  63.9  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 305 bp  63.9  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  97.22 
 
 		 365 bp  63.9  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  89.06 
 
 		 364 bp  63.9  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 322 bp  63.9  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  97.22 
 
 		 308 bp  63.9  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 292 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 294 bp  61.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 328 bp  61.9  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  97.14 
 
 		 349 bp  61.9  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 418 bp  61.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  97.14 
 
 		 296 bp  61.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 294 bp  61.9  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 295 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  97.14 
 
 		 294 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    97.14 
 
 		 295 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 295 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 374 bp  61.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>