188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0032 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  646    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  89.01 
 
 		 301 bp  101  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 318 bp  99.6  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 352 bp  99.6  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 369 bp  99.6  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    91.89 
 
 		 352 bp  99.6  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  91.89 
 
 		 354 bp  99.6  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  89.53 
 
 		 348 bp  99.6  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    85.22 
 
 		 330 bp  93.7  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 356 bp  91.7  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 353 bp  91.7  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  87.8 
 
 		 332 bp  83.8  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 328 bp  81.8  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  86.02 
 
 		 373 bp  81.8  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 309 bp  81.8  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 338 bp  81.8  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    88.17 
 
 		 303 bp  81.8  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  83.48 
 
 		 323 bp  77.8  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 339 bp  73.8  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  86.46 
 
 		 303 bp  71.9  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 316 bp  71.9  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0005  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 		 381 bp  69.9  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.328274 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    86.32 
 
 		 295 bp  69.9  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    97.37 
 
 		 358 bp  67.9  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  100 
 
 		 359 bp  65.9  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  100 
 
 		 293 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 292 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    100 
 
 		 295 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 386 bp  65.9  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 291 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  85.19 
 
 		 340 bp  65.9  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 369 bp  65.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  100 
 
 		 292 bp  65.9  0.000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 355 bp  65.9  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 342 bp  65.9  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 348 bp  65.9  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  100 
 
 		 302 bp  65.9  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  85.19 
 
 		 427 bp  65.9  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  100 
 
 		 346 bp  65.9  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  65.9  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  65.9  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 294 bp  65.9  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  100 
 
 		 296 bp  65.9  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  100 
 
 		 294 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 328 bp  65.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 374 bp  63.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 366 bp  63.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 418 bp  63.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0041  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 329 bp  63.9  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  100 
 
 		 365 bp  63.9  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 312 bp  61.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0035  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 310 bp  61.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.100496 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0021  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0664303 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 291 bp  61.9  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 306 bp  61.9  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  83.72 
 
 		 345 bp  60  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  60  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 331 bp  60  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 398 bp  60  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0035  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  100 
 
 		 338 bp  60  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 284 bp  60  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0052  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    96.97 
 
 		 205 bp  58  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 335 bp  58  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    96.97 
 
 		 296 bp  58  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  96.97 
 
 		 349 bp  58  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 120 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 305 bp  58  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.97 
 
 		 296 bp  58  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 305 bp  58  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  82.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 354 bp  58  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 322 bp  58  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  96.97 
 
 		 308 bp  58  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 298 bp  58  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 298 bp  58  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 299 bp  58  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 296 bp  58  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>