143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0059 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0059    100 
 
 		 330 bp  654    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  87.73 
 
 		 327 bp  198  7e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  87.73 
 
 		 356 bp  198  7e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  87.27 
 
 		 357 bp  190  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  86.16 
 
 		 326 bp  174  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  85.91 
 
 		 315 bp  167  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  86.29 
 
 		 323 bp  157  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  83.04 
 
 		 308 bp  109  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  84.51 
 
 		 373 bp  107  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  83.52 
 
 		 315 bp  103  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  85.22 
 
 		 326 bp  93.7  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  86.81 
 
 		 301 bp  85.7  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  85.87 
 
 		 301 bp  79.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  85.26 
 
 		 332 bp  77.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  86.73 
 
 		 329 bp  75.8  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  86.59 
 
 		 328 bp  75.8  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 356 bp  71.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  85.23 
 
 		 340 bp  71.9  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 353 bp  71.9  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 339 bp  71.9  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  80.1 
 
 		 348 bp  69.9  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  84.04 
 
 		 304 bp  67.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  95.24 
 
 		 422 bp  67.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  95.24 
 
 		 331 bp  67.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  95.24 
 
 		 364 bp  67.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    95.24 
 
 		 352 bp  67.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    97.3 
 
 		 295 bp  65.9  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  84.71 
 
 		 332 bp  65.9  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 427 bp  63.9  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 284 bp  63.9  0.00000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    95 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 297 bp  61.9  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 352 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0056  RNase P class A  97.14 
 
 		 276 bp  61.9  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.441573  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 333 bp  61.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 352 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  84.34 
 
 		 333 bp  61.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 333 bp  61.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 359 bp  60  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  92.86 
 
 		 322 bp  60  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 288 bp  60  0.0000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    92.86 
 
 		 341 bp  60  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  92.86 
 
 		 354 bp  60  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  96.97 
 
 		 261 bp  58  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.97 
 
 		 359 bp  58  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 305 bp  58  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 295 bp  58  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.97 
 
 		 302 bp  58  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  96.97 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 333 bp  58  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1797  bacterial RNase P, class A  100 
 
 		 380 bp  58  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.848087  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0028  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 270 bp  58  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    94.59 
 
 		 358 bp  58  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  83.15 
 
 		 339 bp  58  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 345 bp  56  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 348 bp  56  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  89.58 
 
 		 358 bp  56  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 347 bp  54  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 309 bp  54  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 350 bp  54  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 355 bp  54  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 347 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 318 bp  54  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  89.36 
 
 		 378 bp  54  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 298 bp  54  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 304 bp  54  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  94.29 
 
 		 347 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rnpBVIMSS1309424  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  96.77 
 
 		 398 bp  54  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 313 bp  54  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  85.06 
 
 		 316 bp  54  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 332 bp  54  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 347 bp  54  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 213 bp  54  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 285 bp  54  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    94.29 
 
 		 347 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    94.29 
 
 		 347 bp  54  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    94.29 
 
 		 350 bp  54  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 386 bp  52  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  90.48 
 
 		 349 bp  52  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 334 bp  52  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 338 bp  52  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 304 bp  52  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  92.11 
 
 		 296 bp  52  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  92.11 
 
 		 354 bp  52  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  90.48 
 
 		 338 bp  52  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  96.67 
 
 		 365 bp  52  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    87.04 
 
 		 363 bp  52  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 382 bp  52  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 335 bp  52  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 372 bp  50.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  91.89 
 
 		 294 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  93.94 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  93.94 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>