175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0038 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  583  1e-164  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 348 bp  81.8  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 354 bp  73.8  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 345 bp  73.8  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 398 bp  73.8  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 309 bp  69.9  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  69.9  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  100 
 
 		 350 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 427 bp  67.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 339 bp  67.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 295 bp  65.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 120 bp  65.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 318 bp  65.9  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 298 bp  65.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 352 bp  65.9  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    100 
 
 		 352 bp  65.9  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  83.87 
 
 		 332 bp  65.9  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 328 bp  65.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0003  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 330 bp  63.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0285718 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 339 bp  63.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rnpBVIMSS1309424  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  95 
 
 		 398 bp  63.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_rnpBVIMSS1309440  rnpB RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  95 
 
 		 390 bp  63.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 333 bp  63.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 350 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 368 bp  61.9  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 304 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    97.14 
 
 		 350 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  86.21 
 
 		 354 bp  61.9  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 328 bp  61.9  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 332 bp  61.9  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  60  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  85.37 
 
 		 355 bp  60  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  92.86 
 
 		 324 bp  60  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 335 bp  60  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    97.06 
 
 		 303 bp  60  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    97.06 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  92.68 
 
 		 317 bp  58  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 386 bp  58  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 374 bp  58  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 341 bp  58  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 369 bp  58  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 334 bp  58  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 369 bp  58  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  94.59 
 
 		 302 bp  58  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  96.97 
 
 		 338 bp  58  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 312 bp  58  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 316 bp  58  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  94.59 
 
 		 308 bp  58  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 284 bp  58  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 326 bp  58  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0025  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 332 bp  56  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0043  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 305 bp  56  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0036  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 312 bp  56  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.792422 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_rnpBVIMSS1309388  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  94.44 
 
 		 307 bp  56  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_rnpBVIMSS1309394  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  94.44 
 
 		 309 bp  56  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.371519  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_rnpBVIMSS1309406  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  94.44 
 
 		 333 bp  56  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 382 bp  56  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  94.29 
 
 		 292 bp  54  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 342 bp  54  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09390  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 313 bp  54  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.282783 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  94.29 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  94.29 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.67 
 
 		 359 bp  52  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    96.67 
 
 		 205 bp  52  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 292 bp  52  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 297 bp  52  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 291 bp  52  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    96.67 
 
 		 296 bp  52  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 305 bp  52  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 366 bp  52  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 300 bp  52  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 296 bp  52  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>