106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_rnpBVIMSS1309424 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008820  P9303_rnpBVIMSS1309424  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  100 
 
 		 398 bp  789    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0003  RNA component of RNaseP  89.83 
 
 		 330 bp  347  1e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0285718 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_rnpBVIMSS1309440  rnpB RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  88.43 
 
 		 390 bp  224  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0036  RNA component of RNaseP  88.12 
 
 		 312 bp  220  2e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.792422 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0025  RNA component of RNaseP  87.25 
 
 		 332 bp  182  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_rnpBVIMSS1309406  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  86.89 
 
 		 333 bp  178  8e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30443  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0041  RNA component of RNaseP  98.72 
 
 		 329 bp  147  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0052  RNA component of RNaseP  98.72 
 
 		 326 bp  147  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0005  RNA component of RNaseP  97.5 
 
 		 381 bp  143  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.328274 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0035  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 		 326 bp  139  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0035  RNA component of RNaseP  96.15 
 
 		 310 bp  131  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.100496 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0046  RNA component of RNaseP  91.76 
 
 		 326 bp  113  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.770648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0043  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 305 bp  107  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_rnpBVIMSS1309388  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  91.46 
 
 		 307 bp  107  2e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_rnpBVIMSS1309394  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  91.46 
 
 		 309 bp  107  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.371519  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0021  RNA component of RNaseP  90.36 
 
 		 359 bp  101  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0664303 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_rnpBVIMSS1309400  rnpB RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  89.01 
 
 		 309 bp  101  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.930283  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 398 bp  79.8  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25991  hypothetical protein  100 
 
 		 102 bp  75.8  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 		 295 bp  69.9  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 348 bp  65.9  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  93.18 
 
 		 354 bp  63.9  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 294 bp  63.9  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  94.87 
 
 		 302 bp  61.9  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 369 bp  60  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  96.97 
 
 		 338 bp  58  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 284 bp  58  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  96.88 
 
 		 326 bp  56  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 326 bp  56  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  100 
 
 		 315 bp  54  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    96.77 
 
 		 330 bp  54  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 327 bp  54  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  94.29 
 
 		 292 bp  54  0.00003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 355 bp  54  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 342 bp  54  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 298 bp  54  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 326 bp  54  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  94.29 
 
 		 350 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0033  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 272 bp  54  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399314  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  92.31 
 
 		 308 bp  54  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.67 
 
 		 359 bp  52  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  96.67 
 
 		 293 bp  52  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 292 bp  52  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 386 bp  52  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 291 bp  52  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 369 bp  52  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 366 bp  52  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 418 bp  52  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 318 bp  52  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 352 bp  52  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    94.12 
 
 		 352 bp  52  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  96.67 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  96.67 
 
 		 365 bp  52  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    96.67 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 374 bp  52  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  96.67 
 
 		 346 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  96.67 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  96.67 
 
 		 296 bp  52  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 120 bp  50.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 309 bp  50.1  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 328 bp  50.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    93.94 
 
 		 358 bp  50.1  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 339 bp  50.1  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08950  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 306 bp  50.1  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000299529 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 427 bp  50.1  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 357 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 347 bp  46.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 350 bp  46.1  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 368 bp  46.1  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 347 bp  46.1  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 304 bp  46.1  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  91.43 
 
 		 347 bp  46.1  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 305 bp  46.1  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  91.43 
 
 		 303 bp  46.1  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 303 bp  46.1  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 347 bp  46.1  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  91.43 
 
 		 303 bp  46.1  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    91.43 
 
 		 347 bp  46.1  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    91.43 
 
 		 350 bp  46.1  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 308 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  89.74 
 
 		 327 bp  46.1  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 303 bp  46.1  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>