121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0022 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 345 bp  684    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  84.68 
 
 		 340 bp  240  2e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  83.86 
 
 		 354 bp  228  8e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  87.63 
 
 		 333 bp  196  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  84.29 
 
 		 356 bp  192  4e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 348 bp  190  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  87.89 
 
 		 316 bp  186  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  87.37 
 
 		 341 bp  180  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  86.6 
 
 		 353 bp  174  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  82.79 
 
 		 348 bp  170  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 318 bp  167  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 352 bp  167  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    83.33 
 
 		 352 bp  167  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  86.7 
 
 		 339 bp  163  4e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  82.49 
 
 		 328 bp  153  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  84.54 
 
 		 332 bp  143  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  84.57 
 
 		 324 bp  143  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  85.07 
 
 		 334 bp  141  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  84.74 
 
 		 427 bp  139  6.0000000000000005e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  84.57 
 
 		 326 bp  135  9e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 339 bp  133  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  81.61 
 
 		 309 bp  129  6e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  83.76 
 
 		 328 bp  127  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 184 bp  127  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  84.04 
 
 		 317 bp  127  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  80.73 
 
 		 354 bp  121  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  92.05 
 
 		 325 bp  119  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  83.73 
 
 		 369 bp  115  8.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  91.76 
 
 		 338 bp  113  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  82.83 
 
 		 337 bp  101  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  89.41 
 
 		 312 bp  97.6  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  82.11 
 
 		 299 bp  83.8  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 294 bp  73.8  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 350 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 304 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  95.35 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    95.35 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    95.35 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    95.35 
 
 		 350 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 306 bp  69.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 345 bp  67.9  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  85.88 
 
 		 335 bp  65.9  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 283 bp  63.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 281 bp  63.9  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  100 
 
 		 966 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 326 bp  61.9  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  86.3 
 
 		 353 bp  60  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  83.72 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 343 bp  60  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    94.59 
 
 		 293 bp  58  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  96.97 
 
 		 313 bp  58  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 312 bp  58  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    84.21 
 
 		 330 bp  56  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  93.18 
 
 		 350 bp  56  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 328 bp  56  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 284 bp  56  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 332 bp  56  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 308 bp  56  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 301 bp  56  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 304 bp  54  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 298 bp  54  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 323 bp  54  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  94.29 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.77 
 
 		 302 bp  54  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  90.7 
 
 		 253 bp  54  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 332 bp  54  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0042    90.7 
 
 		 253 bp  54  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208955  normal  0.577092 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 298 bp  54  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 373 bp  54  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  83.33 
 
 		 315 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    84.93 
 
 		 348 bp  52  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    84.88 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    93.94 
 
 		 358 bp  50.1  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0066  Bacterial RNase P  90.24 
 
 		 276 bp  50.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00243205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 290 bp  50.1  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  83.95 
 
 		 396 bp  50.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0002  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 276 bp  50.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00285057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 398 bp  50.1  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0005  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 280 bp  48.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.500328  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    96.43 
 
 		 341 bp  48.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0020  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 336 bp  48.1  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00784007  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 302 bp  48.1  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 297 bp  46.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 331 bp  46.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>