54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0059 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 343 bp  680    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  84.9 
 
 		 347 bp  250  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  83.94 
 
 		 345 bp  147  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  83.18 
 
 		 326 bp  119  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 306 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 312 bp  60  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 345 bp  60  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 328 bp  60  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 324 bp  60  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  97.06 
 
 		 337 bp  60  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 184 bp  60  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 338 bp  60  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 333 bp  60  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  96.88 
 
 		 312 bp  56  0.000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 307 bp  56  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  96.88 
 
 		 313 bp  56  0.000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    96.88 
 
 		 295 bp  56  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 348 bp  54  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 354 bp  54  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 398 bp  54  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 213 bp  54  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 317 bp  54  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 340 bp  52  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 325 bp  52  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 316 bp  52  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 341 bp  52  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 334 bp  52  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 339 bp  52  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 326 bp  48.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 328 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 297 bp  48.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 284 bp  46.1  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 339 bp  46.1  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    93.55 
 
 		 350 bp  46.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  93.55 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 283 bp  46.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 304 bp  46.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 350 bp  46.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 281 bp  46.1  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 318 bp  46.1  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 304 bp  46.1  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  93.55 
 
 		 966 bp  46.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 352 bp  46.1  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    93.55 
 
 		 352 bp  46.1  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  93.55 
 
 		 354 bp  46.1  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0097  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 346 bp  46.1  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    93.55 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    93.55 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>