71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0097 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0097  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 346 bp  686    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 363 bp  75.8  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 213 bp  71.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 297 bp  69.9  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 398 bp  67.9  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 313 bp  67.9  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 301 bp  65.9  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 304 bp  61.9  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  89.8 
 
 		 313 bp  58  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 299 bp  58  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 357 bp  56  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 356 bp  56  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  90.91 
 
 		 315 bp  56  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0061  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  54  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.773331  unclonable  0.00000000000486767 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 372 bp  52  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    86.21 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 291 bp  52  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 306 bp  52  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 312 bp  52  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 302 bp  50.1  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  93.94 
 
 		 359 bp  50.1  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    93.94 
 
 		 205 bp  50.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    93.94 
 
 		 205 bp  50.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 302 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 307 bp  50.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  93.94 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 327 bp  50.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 299 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  93.94 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 332 bp  50.1  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 323 bp  50.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  93.94 
 
 		 308 bp  50.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  93.94 
 
 		 302 bp  50.1  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  93.94 
 
 		 337 bp  50.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    93.94 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    93.94 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    93.94 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 315 bp  50.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 184 bp  50.1  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  93.75 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  90 
 
 		 326 bp  48.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  84.72 
 
 		 338 bp  48.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 328 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 291 bp  46.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 305 bp  46.1  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09390  Bacterial RNase P class A  82.28 
 
 		 313 bp  46.1  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.282783 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 348 bp  46.1  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 343 bp  46.1  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>