151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0037 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 323 bp  640    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    86.29 
 
 		 330 bp  157  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  83.57 
 
 		 301 bp  87.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  83.58 
 
 		 307 bp  87.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 332 bp  81.8  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  83.48 
 
 		 326 bp  77.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  95.74 
 
 		 327 bp  77.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  95.74 
 
 		 297 bp  77.8  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  95.65 
 
 		 303 bp  75.8  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 332 bp  75.8  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 327 bp  71.9  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 328 bp  71.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 315 bp  71.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  95.35 
 
 		 359 bp  69.9  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  95.35 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 298 bp  69.9  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  95.35 
 
 		 302 bp  69.9  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    93.62 
 
 		 358 bp  69.9  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    93.62 
 
 		 295 bp  69.9  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  93.48 
 
 		 315 bp  67.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 356 bp  67.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 357 bp  67.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 309 bp  65.9  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 348 bp  65.9  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 326 bp  63.9  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 313 bp  63.9  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  80.71 
 
 		 373 bp  63.9  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 297 bp  61.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 284 bp  61.9  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  91.49 
 
 		 363 bp  61.9  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 333 bp  61.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 331 bp  61.9  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 339 bp  61.9  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  83.52 
 
 		 326 bp  61.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0056  RNase P class A  97.14 
 
 		 276 bp  61.9  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.441573  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  93.02 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 306 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  61.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  93.02 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 213 bp  61.9  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    91.49 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  93.02 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 308 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 329 bp  58  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 398 bp  58  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 350 bp  58  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 288 bp  58  0.000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 338 bp  58  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  91.11 
 
 		 337 bp  58  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 334 bp  58  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1797  bacterial RNase P, class A  100 
 
 		 380 bp  58  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.848087  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0028  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 270 bp  58  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    92.68 
 
 		 350 bp  58  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 328 bp  56  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 283 bp  56  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 299 bp  56  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 281 bp  56  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 339 bp  56  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 316 bp  56  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  56  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 427 bp  54  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 340 bp  54  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  90.7 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 304 bp  54  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 302 bp  54  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 318 bp  54  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  90.7 
 
 		 298 bp  54  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 356 bp  54  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 285 bp  54  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 353 bp  54  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    90.7 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  96.77 
 
 		 966 bp  54  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>