148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0039 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0039    100 
 
 		 363 bp  720    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  94 
 
 		 335 bp  151  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 333 bp  139  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 333 bp  139  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  93.26 
 
 		 396 bp  129  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  92.13 
 
 		 322 bp  121  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  81.65 
 
 		 358 bp  113  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 333 bp  111  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  89.89 
 
 		 364 bp  105  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  88.76 
 
 		 359 bp  97.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  88.76 
 
 		 422 bp  97.6  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  83.44 
 
 		 369 bp  91.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  89.61 
 
 		 366 bp  89.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  89.61 
 
 		 418 bp  89.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  89.33 
 
 		 374 bp  85.7  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  88.61 
 
 		 338 bp  85.7  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  88.61 
 
 		 332 bp  85.7  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  86.67 
 
 		 354 bp  83.8  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  86.67 
 
 		 378 bp  83.8  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    94.44 
 
 		 352 bp  83.8  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 386 bp  81.8  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  86.52 
 
 		 349 bp  81.8  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 355 bp  81.8  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    88.31 
 
 		 341 bp  81.8  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 357 bp  79.8  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  88.73 
 
 		 326 bp  77.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  85.26 
 
 		 352 bp  77.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  86.81 
 
 		 296 bp  77.8  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  85.26 
 
 		 352 bp  77.8  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  86.17 
 
 		 298 bp  75.8  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  87.01 
 
 		 365 bp  73.8  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 299 bp  69.9  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    85.71 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    85.71 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 317 bp  67.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  97.37 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  97.37 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    97.37 
 
 		 301 bp  67.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 312 bp  65.9  0.000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 305 bp  65.9  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  91.84 
 
 		 356 bp  65.9  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    85.71 
 
 		 320 bp  65.9  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 346 bp  65.9  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  84.27 
 
 		 331 bp  65.9  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 298 bp  65.9  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 302 bp  63.9  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 347 bp  63.9  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 120 bp  63.9  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 299 bp  63.9  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 347 bp  63.9  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 307 bp  61.9  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  97.14 
 
 		 296 bp  61.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 305 bp  61.9  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  97.14 
 
 		 308 bp  61.9  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  90.2 
 
 		 398 bp  61.9  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  94.74 
 
 		 359 bp  60  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    94.74 
 
 		 205 bp  60  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    94.74 
 
 		 205 bp  60  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 331 bp  60  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 305 bp  60  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 300 bp  60  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  94.74 
 
 		 302 bp  60  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 306 bp  60  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 299 bp  60  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 291 bp  60  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 357 bp  58  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  94.59 
 
 		 292 bp  58  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 350 bp  58  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  94.59 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 369 bp  58  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    83.15 
 
 		 348 bp  58  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    94.59 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    94.59 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>