132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0016 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 329 bp  652    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  87.68 
 
 		 298 bp  123  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  84.09 
 
 		 302 bp  95.6  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  85.09 
 
 		 296 bp  91.7  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  83.09 
 
 		 299 bp  87.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    83.21 
 
 		 296 bp  83.8  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    83.21 
 
 		 296 bp  83.8  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  85.87 
 
 		 359 bp  79.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0059  RNA component of RNaseP  84.26 
 
 		 251 bp  79.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.538739 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  82.35 
 
 		 302 bp  79.8  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  86.87 
 
 		 326 bp  77.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    86.73 
 
 		 330 bp  75.8  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  87.67 
 
 		 296 bp  73.8  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  85.87 
 
 		 374 bp  71.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  87.18 
 
 		 293 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 292 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  84.95 
 
 		 396 bp  65.9  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  85.57 
 
 		 327 bp  65.9  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  85.57 
 
 		 356 bp  65.9  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  84.95 
 
 		 369 bp  65.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  85.71 
 
 		 298 bp  65.9  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  84.95 
 
 		 364 bp  65.9  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  85.57 
 
 		 357 bp  65.9  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 359 bp  63.9  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 418 bp  63.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 322 bp  63.9  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    85.23 
 
 		 341 bp  63.9  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 358 bp  63.9  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    97.22 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  84.38 
 
 		 333 bp  63.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09390  Bacterial RNase P class A  91.49 
 
 		 313 bp  61.9  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.282783 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 305 bp  61.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  91.49 
 
 		 312 bp  61.9  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  83.19 
 
 		 308 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  84.34 
 
 		 382 bp  61.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  84.15 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  84.54 
 
 		 315 bp  58  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  83.87 
 
 		 386 bp  58  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  83.87 
 
 		 349 bp  58  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 328 bp  58  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 323 bp  58  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  84.93 
 
 		 294 bp  58  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  83.87 
 
 		 352 bp  58  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    96.97 
 
 		 358 bp  58  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  83.87 
 
 		 352 bp  58  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 333 bp  56  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  83.75 
 
 		 331 bp  56  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  89.58 
 
 		 305 bp  56  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  92.5 
 
 		 422 bp  56  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    84.09 
 
 		 352 bp  56  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 288 bp  56  0.000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 332 bp  54  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 297 bp  54  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  92.31 
 
 		 378 bp  54  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 333 bp  54  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  89.36 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  89.36 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 315 bp  54  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  83.52 
 
 		 354 bp  54  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 373 bp  52  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 297 bp  52  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    94.12 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 350 bp  52  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  82.98 
 
 		 355 bp  52  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 304 bp  52  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  92.11 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 327 bp  52  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 284 bp  52  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    92.11 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    92.11 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    92.11 
 
 		 350 bp  52  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  84.93 
 
 		 291 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  91.89 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  83.15 
 
 		 338 bp  50.1  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0056  RNase P class A  93.94 
 
 		 276 bp  50.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.441573  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>