114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0029 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  591  1e-167  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  90.8 
 
 		 312 bp  109  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08950  Bacterial RNase P class A  83.08 
 
 		 306 bp  101  1e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000299529 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 332 bp  91.7  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  87.34 
 
 		 295 bp  77.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  87.34 
 
 		 294 bp  77.8  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  87.34 
 
 		 346 bp  77.8  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  87.34 
 
 		 294 bp  77.8  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 307 bp  75.8  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0002  RNA component of RNaseP  95.45 
 
 		 237 bp  71.9  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0585787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 316 bp  71.9  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09390  Bacterial RNase P class A  85.06 
 
 		 313 bp  69.9  0.0000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.282783 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 323 bp  67.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  87.14 
 
 		 382 bp  67.9  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  85.9 
 
 		 340 bp  67.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 304 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  93.33 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    93.33 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    93.33 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    93.33 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  85.53 
 
 		 315 bp  63.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 339 bp  63.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 347 bp  63.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 356 bp  63.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 285 bp  61.9  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 309 bp  61.9  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 298 bp  61.9  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  91.49 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  84.81 
 
 		 302 bp  61.9  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 356 bp  61.9  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 353 bp  61.9  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 348 bp  61.9  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 339 bp  60  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    84.62 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 357 bp  60  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 301 bp  60  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 283 bp  58  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 281 bp  58  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  100 
 
 		 359 bp  56  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 341 bp  56  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0059  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 251 bp  56  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.538739 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  100 
 
 		 296 bp  56  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 354 bp  56  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  84.21 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 348 bp  56  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  85 
 
 		 354 bp  56  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 308 bp  56  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 347 bp  56  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 297 bp  56  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  84.21 
 
 		 317 bp  56  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  83.54 
 
 		 297 bp  54  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 368 bp  54  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  83.54 
 
 		 332 bp  54  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  92.31 
 
 		 966 bp  54  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 345 bp  54  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  83.54 
 
 		 302 bp  54  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  84.29 
 
 		 261 bp  52  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 363 bp  52  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  84.29 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  91.3 
 
 		 350 bp  52  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  84.29 
 
 		 304 bp  52  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 327 bp  52  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  88.89 
 
 		 253 bp  50.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0042    88.89 
 
 		 253 bp  50.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208955  normal  0.577092 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 398 bp  50.1  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 328 bp  48.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 304 bp  48.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 331 bp  48.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 299 bp  48.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 313 bp  48.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 333 bp  48.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 334 bp  48.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 328 bp  48.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 213 bp  48.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 315 bp  48.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 306 bp  48.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    90 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 312 bp  48.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>