77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0045 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 312 bp  618  1e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  90.36 
 
 		 324 bp  224  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  86.84 
 
 		 317 bp  170  1e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  84.34 
 
 		 316 bp  145  8e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  88.32 
 
 		 328 bp  139  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 333 bp  131  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  82.83 
 
 		 341 bp  131  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  83.68 
 
 		 340 bp  129  5e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  83.51 
 
 		 353 bp  125  8e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  83.07 
 
 		 356 bp  121  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  91.21 
 
 		 338 bp  117  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  83.78 
 
 		 332 bp  117  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  82.98 
 
 		 339 bp  113  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  83.7 
 
 		 354 bp  113  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  90.22 
 
 		 334 bp  111  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 348 bp  111  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  86.03 
 
 		 326 bp  111  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 309 bp  111  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  89.41 
 
 		 345 bp  97.6  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  82.45 
 
 		 348 bp  95.6  7e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  87.64 
 
 		 337 bp  89.7  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  90.14 
 
 		 184 bp  85.7  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  80.98 
 
 		 427 bp  79.8  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  80.77 
 
 		 328 bp  75.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  85.88 
 
 		 369 bp  73.8  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 339 bp  73.8  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  85.88 
 
 		 318 bp  73.8  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  85.88 
 
 		 352 bp  73.8  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    85.88 
 
 		 352 bp  73.8  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 306 bp  71.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  83.33 
 
 		 313 bp  71.9  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 345 bp  67.9  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  83.87 
 
 		 325 bp  65.9  0.000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  84.71 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 356 bp  63.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 326 bp  63.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  86.59 
 
 		 303 bp  60  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 312 bp  60  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  86.96 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 343 bp  60  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 308 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    86.42 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  58  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    86.42 
 
 		 358 bp  58  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  82.95 
 
 		 299 bp  56  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 373 bp  56  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 357 bp  56  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  100 
 
 		 302 bp  54  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    94.29 
 
 		 293 bp  54  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 284 bp  52  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 347 bp  52  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 291 bp  52  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 327 bp  50.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  96.55 
 
 		 396 bp  50.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 364 bp  50.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    84.93 
 
 		 320 bp  50.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 323 bp  50.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  96.55 
 
 		 378 bp  50.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 332 bp  48.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 298 bp  48.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 398 bp  48.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 335 bp  48.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  96.43 
 
 		 338 bp  48.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 363 bp  46.1  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 331 bp  46.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 299 bp  46.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 368 bp  46.1  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 333 bp  46.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 295 bp  46.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0020  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 336 bp  46.1  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00784007  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    85.37 
 
 		 295 bp  46.1  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 305 bp  46.1  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>