162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4508 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  100 
 
 		 396 bp  785    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  87.09 
 
 		 333 bp  266  4e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  84.87 
 
 		 333 bp  236  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  89.34 
 
 		 333 bp  216  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  86.67 
 
 		 349 bp  159  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    86.15 
 
 		 341 bp  153  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  85.13 
 
 		 322 bp  147  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  88.65 
 
 		 422 bp  145  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  81.95 
 
 		 369 bp  129  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  92.47 
 
 		 378 bp  129  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  92.47 
 
 		 364 bp  129  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    93.26 
 
 		 363 bp  129  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  83.65 
 
 		 335 bp  119  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    91.3 
 
 		 352 bp  119  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  91.21 
 
 		 374 bp  117  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  81.55 
 
 		 418 bp  115  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  83.08 
 
 		 355 bp  115  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  82.91 
 
 		 338 bp  113  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  82.9 
 
 		 346 bp  113  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  90.11 
 
 		 354 bp  109  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  90 
 
 		 331 bp  107  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  89.89 
 
 		 352 bp  105  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  92.21 
 
 		 366 bp  105  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  89.89 
 
 		 352 bp  105  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  89.89 
 
 		 358 bp  105  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  91.14 
 
 		 332 bp  101  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    82.05 
 
 		 320 bp  99.6  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 386 bp  97.6  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  88.76 
 
 		 359 bp  97.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  95.16 
 
 		 398 bp  91.7  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  89.61 
 
 		 365 bp  89.7  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  85.12 
 
 		 307 bp  89.7  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  84.33 
 
 		 315 bp  83.8  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 326 bp  81.8  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  89.61 
 
 		 356 bp  81.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  84.72 
 
 		 315 bp  79.8  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  86.81 
 
 		 357 bp  77.8  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  85.11 
 
 		 353 bp  75.8  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  86.59 
 
 		 233 bp  75.8  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 302 bp  69.9  0.0000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 299 bp  69.9  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 299 bp  69.9  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  95.74 
 
 		 391 bp  69.9  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  83.06 
 
 		 340 bp  69.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    84.04 
 
 		 348 bp  67.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  97.3 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  84.95 
 
 		 329 bp  65.9  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    97.3 
 
 		 344 bp  65.9  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 298 bp  63.9  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  85.87 
 
 		 298 bp  63.9  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  88.24 
 
 		 301 bp  63.9  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  84.62 
 
 		 296 bp  61.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 317 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 373 bp  60  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  82.98 
 
 		 346 bp  60  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 301 bp  60  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2222  bacterial RNase P, class A  84.44 
 
 		 292 bp  60  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 308 bp  60  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 363 bp  58  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 305 bp  58  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  100 
 
 		 361 bp  58  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  85.19 
 
 		 338 bp  58  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  83.87 
 
 		 296 bp  58  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 353 bp  58  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  83.54 
 
 		 339 bp  58  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  89.8 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  89.58 
 
 		 360 bp  56  0.000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 312 bp  56  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 390 bp  56  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 303 bp  56  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  92.31 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 292 bp  54  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 327 bp  54  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 348 bp  54  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  85.07 
 
 		 326 bp  54  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  83.91 
 
 		 325 bp  54  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 331 bp  52  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 305 bp  52  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 306 bp  52  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>