106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0055 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_R0055    100 
 
 		 320 bp  634  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  86.5 
 
 		 346 bp  178  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  85 
 
 		 353 bp  165  9e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    84.5 
 
 		 348 bp  157  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  92.71 
 
 		 348 bp  127  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  82.99 
 
 		 333 bp  107  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  82.05 
 
 		 396 bp  99.6  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  88.64 
 
 		 233 bp  95.6  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  87.37 
 
 		 332 bp  93.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  87.78 
 
 		 331 bp  91.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  87.78 
 
 		 364 bp  91.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  87.78 
 
 		 354 bp  91.7  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  89.61 
 
 		 422 bp  89.7  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  87.64 
 
 		 358 bp  89.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  86.46 
 
 		 346 bp  87.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  81.22 
 
 		 335 bp  87.7  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  88.61 
 
 		 349 bp  85.7  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    86.67 
 
 		 341 bp  83.8  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 326 bp  81.8  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  88.31 
 
 		 338 bp  81.8  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 359 bp  81.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 366 bp  79.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 418 bp  79.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  87.34 
 
 		 369 bp  77.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  85.56 
 
 		 378 bp  75.8  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  85.56 
 
 		 365 bp  75.8  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 		 374 bp  75.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 298 bp  73.8  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 352 bp  73.8  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 352 bp  73.8  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  80.83 
 
 		 333 bp  73.8  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 303 bp  73.8  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 301 bp  73.8  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  86.25 
 
 		 386 bp  71.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  86.25 
 
 		 355 bp  71.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 322 bp  71.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  83.09 
 
 		 333 bp  71.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    84.44 
 
 		 352 bp  67.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    85.71 
 
 		 363 bp  65.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 296 bp  65.9  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  87.69 
 
 		 317 bp  65.9  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  90.38 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 120 bp  60  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  100 
 
 		 301 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 356 bp  60  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0005  RNase P class A  97.06 
 
 		 280 bp  60  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 353 bp  60  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0005  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 280 bp  60  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.500328  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 308 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 373 bp  60  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 303 bp  60  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  94.59 
 
 		 350 bp  58  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 306 bp  58  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    96.97 
 
 		 344 bp  58  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  81.48 
 
 		 315 bp  56  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  89.58 
 
 		 305 bp  56  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 328 bp  56  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 285 bp  56  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  81.82 
 
 		 357 bp  54  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 299 bp  54  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 304 bp  54  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 315 bp  54  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  91.49 
 
 		 391 bp  54  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 350 bp  52  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 304 bp  52  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 323 bp  52  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    94.12 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    94.12 
 
 		 350 bp  52  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  93.94 
 
 		 326 bp  50.1  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  96.55 
 
 		 361 bp  50.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    83.15 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    83.15 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  84.42 
 
 		 339 bp  50.1  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 294 bp  50.1  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  84.93 
 
 		 312 bp  50.1  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    87.5 
 
 		 205 bp  48.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    87.5 
 
 		 205 bp  48.1  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 390 bp  48.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 290 bp  48.1  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 299 bp  48.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>