116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_R0035 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  100 
 
 		 378 bp  749    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 364 bp  135  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  92.47 
 
 		 396 bp  129  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  92.22 
 
 		 333 bp  123  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  92.22 
 
 		 333 bp  123  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  92.13 
 
 		 349 bp  121  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  91.4 
 
 		 333 bp  121  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  91.3 
 
 		 422 bp  119  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  90.11 
 
 		 354 bp  109  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 366 bp  107  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  90 
 
 		 331 bp  107  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  88 
 
 		 369 bp  103  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    88.3 
 
 		 352 bp  99.6  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  88.76 
 
 		 322 bp  97.6  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  88.76 
 
 		 335 bp  97.6  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    88.04 
 
 		 341 bp  95.6  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  89.87 
 
 		 332 bp  93.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  88.51 
 
 		 346 bp  93.7  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  87.37 
 
 		 374 bp  93.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  87.64 
 
 		 338 bp  89.7  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  87.64 
 
 		 358 bp  89.7  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  87.64 
 
 		 359 bp  89.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  86.32 
 
 		 418 bp  85.7  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    86.67 
 
 		 363 bp  83.8  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  87.78 
 
 		 296 bp  83.8  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  86.02 
 
 		 353 bp  81.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  86.02 
 
 		 346 bp  81.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 352 bp  81.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 352 bp  81.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    85.42 
 
 		 348 bp  79.8  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  85.26 
 
 		 365 bp  77.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  85.56 
 
 		 386 bp  75.8  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  85.56 
 
 		 355 bp  75.8  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    85.56 
 
 		 320 bp  75.8  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  86.25 
 
 		 326 bp  71.9  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  90.32 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  85.11 
 
 		 299 bp  67.9  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  85.37 
 
 		 233 bp  67.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  84.44 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  84.44 
 
 		 346 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  84.44 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  84.52 
 
 		 307 bp  63.9  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 357 bp  63.9  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    95 
 
 		 344 bp  63.9  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 302 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 299 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 363 bp  60  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  85.11 
 
 		 298 bp  60  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    84.44 
 
 		 296 bp  60  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    84.44 
 
 		 296 bp  60  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  83.15 
 
 		 326 bp  58  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 317 bp  58  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  100 
 
 		 340 bp  58  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2222  bacterial RNase P, class A  83.7 
 
 		 292 bp  56  0.000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 339 bp  56  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 329 bp  54  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    89.36 
 
 		 330 bp  54  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  83.52 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  83.52 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  83.52 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 373 bp  52  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  92.11 
 
 		 302 bp  52  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 391 bp  52  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 308 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 305 bp  52  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  96.55 
 
 		 361 bp  50.1  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 372 bp  50.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 356 bp  50.1  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  87.76 
 
 		 303 bp  50.1  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 353 bp  50.1  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  87.76 
 
 		 303 bp  50.1  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 312 bp  50.1  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  93.75 
 
 		 315 bp  48.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 327 bp  48.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 312 bp  48.1  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  82.95 
 
 		 348 bp  48.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 305 bp  48.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  82.61 
 
 		 296 bp  48.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  85 
 
 		 337 bp  48.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  96.43 
 
 		 354 bp  48.1  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  90 
 
 		 326 bp  48.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 332 bp  48.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 299 bp  48.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    93.75 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 357 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>