55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0032 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 233 bp  462  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  89.89 
 
 		 346 bp  105  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  86.92 
 
 		 353 bp  101  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    88.64 
 
 		 320 bp  95.6  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    85.98 
 
 		 348 bp  93.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  88.73 
 
 		 332 bp  77.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  86.59 
 
 		 396 bp  75.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 333 bp  69.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 335 bp  69.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  85.37 
 
 		 378 bp  67.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  86.05 
 
 		 356 bp  67.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  86.05 
 
 		 353 bp  67.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  83.51 
 
 		 346 bp  65.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  91.84 
 
 		 348 bp  65.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  85.53 
 
 		 338 bp  63.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  95 
 
 		 422 bp  63.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 364 bp  63.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 333 bp  61.9  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 308 bp  60  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 373 bp  60  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 333 bp  60  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  97.06 
 
 		 301 bp  60  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  89.8 
 
 		 296 bp  58  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  89.8 
 
 		 295 bp  58  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  89.8 
 
 		 294 bp  58  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 304 bp  58  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    82.8 
 
 		 363 bp  58  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  83.7 
 
 		 303 bp  56  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  83.7 
 
 		 303 bp  56  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  84.72 
 
 		 382 bp  56  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  83.7 
 
 		 303 bp  56  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  83.7 
 
 		 303 bp  56  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  83.7 
 
 		 303 bp  56  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  83.7 
 
 		 301 bp  56  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    94.29 
 
 		 344 bp  54  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  82.42 
 
 		 322 bp  54  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  83.54 
 
 		 386 bp  54  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 374 bp  52  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 390 bp  48.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  82.61 
 
 		 302 bp  48.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  82.61 
 
 		 305 bp  48.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  87.23 
 
 		 331 bp  46.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  91.43 
 
 		 326 bp  46.1  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>