127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0007 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0007    100 
 
 		 344 bp  682    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  65.9  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 364 bp  65.9  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  97.3 
 
 		 396 bp  65.9  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  95 
 
 		 378 bp  63.9  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 333 bp  63.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  97.22 
 
 		 422 bp  63.9  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 360 bp  63.9  0.00000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 333 bp  63.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  94.87 
 
 		 326 bp  61.9  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  94.87 
 
 		 292 bp  61.9  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 366 bp  61.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 390 bp  61.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 333 bp  61.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 355 bp  60  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 285 bp  60  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  96.97 
 
 		 353 bp  58  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 369 bp  58  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 373 bp  58  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    96.97 
 
 		 320 bp  58  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  94.59 
 
 		 302 bp  58  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 305 bp  58  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 353 bp  58  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 346 bp  58  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0071  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 338 bp  58  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0880759  normal  0.202054 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 308 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  94.44 
 
 		 359 bp  56  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 386 bp  56  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 418 bp  56  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 369 bp  56  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 332 bp  56  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  92.5 
 
 		 294 bp  56  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 290 bp  56  0.000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 374 bp  56  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 294 bp  56  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 288 bp  56  0.000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  92.5 
 
 		 346 bp  56  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  94.29 
 
 		 293 bp  54  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 292 bp  54  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  94.29 
 
 		 296 bp  54  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 291 bp  54  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 348 bp  54  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 342 bp  54  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 233 bp  54  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  94.29 
 
 		 294 bp  54  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  94.29 
 
 		 365 bp  54  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 295 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 317 bp  54  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  82.76 
 
 		 328 bp  54  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 295 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    94.29 
 
 		 295 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 335 bp  54  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_002978  WprnpB1  WprnpB1  94.12 
 
 		 292 bp  52  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    94.12 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 391 bp  52  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  94.12 
 
 		 354 bp  52  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    91.89 
 
 		 205 bp  50.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    91.89 
 
 		 205 bp  50.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 302 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 297 bp  50.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 299 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  96.55 
 
 		 361 bp  50.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  91.89 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    93.94 
 
 		 348 bp  50.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 346 bp  50.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  93.94 
 
 		 338 bp  50.1  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  91.89 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 326 bp  50.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2222  bacterial RNase P, class A  91.89 
 
 		 292 bp  50.1  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  91.89 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    91.89 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    91.89 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    91.89 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    93.94 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  91.89 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 322 bp  48.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>