54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0033 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 391 bp  775    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  95.74 
 
 		 396 bp  69.9  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 333 bp  60  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 333 bp  60  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 346 bp  60  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 364 bp  60  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 333 bp  60  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  100 
 
 		 422 bp  60  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 308 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0005  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 280 bp  58  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.500328  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 285 bp  58  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 353 bp  58  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0005  RNase P class A  94.59 
 
 		 280 bp  58  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 373 bp  56  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 301 bp  56  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  100 
 
 		 361 bp  56  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  96.88 
 
 		 301 bp  56  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 304 bp  56  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    91.49 
 
 		 320 bp  54  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  90.7 
 
 		 340 bp  54  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_rnpBVIMSS1309440  rnpB RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  90.48 
 
 		 390 bp  52  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  96.67 
 
 		 326 bp  52  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 339 bp  52  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  96.67 
 
 		 353 bp  52  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 325 bp  52  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    96.67 
 
 		 344 bp  52  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 348 bp  52  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  96.67 
 
 		 378 bp  52  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 357 bp  50.1  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  50.1  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 332 bp  50.1  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 284 bp  48.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 382 bp  48.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 332 bp  48.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 302 bp  46.1  0.007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 305 bp  46.1  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 299 bp  46.1  0.007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0030  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 353 bp  46.1  0.007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0004  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 396 bp  46.1  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 317 bp  46.1  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2169  RNA component of RNase P  93.55 
 
 		 275 bp  46.1  0.007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 303 bp  46.1  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  89.36 
 
 		 301 bp  46.1  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>