158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_R0042 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  100 
 
 
332 bp  658    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  93.18 
 
 
317 bp  127  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 
298 bp  113  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  89.47 
 
 
302 bp  109  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  89.77 
 
 
304 bp  103  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 
312 bp  103  3e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  88.42 
 
 
303 bp  101  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  88.42 
 
 
303 bp  101  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  88.42 
 
 
303 bp  101  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  88.42 
 
 
382 bp  101  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 
302 bp  99.6  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  84.29 
 
 
295 bp  97.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  88.64 
 
 
299 bp  95.6  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  88.64 
 
 
296 bp  95.6  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  90.79 
 
 
298 bp  95.6  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  90.79 
 
 
296 bp  95.6  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  87.37 
 
 
303 bp  93.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  87.37 
 
 
303 bp  93.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  87.37 
 
 
303 bp  93.7  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  89.47 
 
 
301 bp  93.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 
298 bp  91.7  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 
302 bp  87.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 
312 bp  87.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 
331 bp  87.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 
299 bp  87.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    87.5 
 
 
298 bp  87.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 
298 bp  87.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 
298 bp  87.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  86.67 
 
 
347 bp  83.8  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  88.16 
 
 
359 bp  79.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 
298 bp  79.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 
299 bp  79.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    88.16 
 
 
296 bp  79.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    88.16 
 
 
296 bp  79.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  85.56 
 
 
347 bp  75.8  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 
323 bp  75.8  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09390  Bacterial RNase P class A  86.84 
 
 
313 bp  71.9  0.0000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.282783 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  86.84 
 
 
346 bp  71.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 
300 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 
300 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 
300 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 
306 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 
295 bp  71.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  86.84 
 
 
294 bp  71.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 
298 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 
298 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 
294 bp  71.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 
291 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  93.62 
 
 
297 bp  69.9  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 
333 bp  69.9  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  84.21 
 
 
308 bp  69.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 
368 bp  67.9  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  84.44 
 
 
328 bp  67.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  86.49 
 
 
305 bp  67.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    84.71 
 
 
330 bp  65.9  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  83.87 
 
 
294 bp  65.9  0.000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 
339 bp  63.9  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    85.53 
 
 
205 bp  63.9  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    85.53 
 
 
205 bp  63.9  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 
305 bp  63.9  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 
307 bp  63.9  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 
300 bp  63.9  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  85.53 
 
 
296 bp  63.9  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  84.09 
 
 
340 bp  63.9  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 
295 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    85.53 
 
 
295 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  85.33 
 
 
292 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 
348 bp  61.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0002  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 
237 bp  61.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0585787 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08950  Bacterial RNase P class A  88.73 
 
 
306 bp  61.9  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299529 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 
332 bp  61.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 
339 bp  61.9  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  86.36 
 
 
301 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 
354 bp  58  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  96.97 
 
 
353 bp  58  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 
304 bp  58  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 
309 bp  58  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    96.97 
 
 
320 bp  58  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 
313 bp  58  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 
213 bp  58  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 
398 bp  58  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  83.15 
 
 
354 bp  58  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 
373 bp  58  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 
356 bp  56  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 
348 bp  56  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 
305 bp  56  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 
297 bp  56  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 
356 bp  56  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  84.21 
 
 
294 bp  56  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 
353 bp  56  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>