76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_rnpB on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  100 
 
 		 326 bp  646    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 333 bp  79.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 333 bp  79.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 366 bp  75.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  86.25 
 
 		 378 bp  71.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 364 bp  69.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  97.3 
 
 		 396 bp  65.9  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  97.22 
 
 		 422 bp  63.9  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    94.87 
 
 		 344 bp  61.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 369 bp  61.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 333 bp  61.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 346 bp  60  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2244  bacterial RNase P, class A  94.44 
 
 		 274 bp  56  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0540535  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    88.24 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    88.24 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2169  RNA component of RNase P  94.29 
 
 		 275 bp  54  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  83.54 
 
 		 355 bp  54  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  86.11 
 
 		 292 bp  54  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 353 bp  52  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 359 bp  52  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 302 bp  52  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 391 bp  52  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 418 bp  52  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 299 bp  52  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    93.94 
 
 		 320 bp  50.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 329 bp  50.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  82.72 
 
 		 386 bp  50.1  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  93.94 
 
 		 353 bp  50.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 308 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 373 bp  50.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 305 bp  50.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 322 bp  50.1  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 299 bp  50.1  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  96.55 
 
 		 361 bp  50.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 317 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0041  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 289 bp  50.1  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000296722  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  93.94 
 
 		 301 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  82.14 
 
 		 299 bp  48.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  91.67 
 
 		 296 bp  48.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  91.67 
 
 		 349 bp  48.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  91.67 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 312 bp  48.1  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 332 bp  48.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  91.67 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0030  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 353 bp  46.1  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 284 bp  46.1  0.006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 307 bp  46.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 348 bp  46.1  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 390 bp  46.1  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 233 bp  46.1  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 184 bp  46.1  0.006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    91.43 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  91.43 
 
 		 325 bp  46.1  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 299 bp  46.1  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 360 bp  46.1  0.006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>