188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0017 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 307 bp  609  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    92.05 
 
 		 295 bp  111  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  90.48 
 
 		 294 bp  103  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  90.48 
 
 		 294 bp  103  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  90.48 
 
 		 346 bp  103  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  85.95 
 
 		 349 bp  101  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  85.12 
 
 		 396 bp  89.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  84.17 
 
 		 333 bp  87.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  84.17 
 
 		 333 bp  87.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  83.58 
 
 		 323 bp  87.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    85.07 
 
 		 303 bp  87.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 366 bp  83.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  82.96 
 
 		 339 bp  83.8  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 369 bp  79.8  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  86.36 
 
 		 354 bp  79.8  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 322 bp  77.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  82.31 
 
 		 340 bp  75.8  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 363 bp  75.8  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 297 bp  75.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 298 bp  75.8  0.000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  85.88 
 
 		 331 bp  73.8  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 318 bp  71.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 352 bp  71.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    85.23 
 
 		 352 bp  71.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 333 bp  71.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 302 bp  69.9  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 312 bp  69.9  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  69.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 359 bp  69.9  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  69.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  69.9  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  100 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 317 bp  69.9  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 331 bp  67.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 291 bp  67.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  67.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  87.14 
 
 		 374 bp  67.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 306 bp  67.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  100 
 
 		 308 bp  67.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  67.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0064  RNA component of RNaseP  84.71 
 
 		 316 bp  65.9  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0444698  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  97.22 
 
 		 359 bp  63.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 369 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 350 bp  63.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 332 bp  63.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  84.52 
 
 		 378 bp  63.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 372 bp  63.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    97.22 
 
 		 341 bp  63.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 347 bp  63.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    97.22 
 
 		 352 bp  63.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 328 bp  63.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    97.14 
 
 		 205 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    97.14 
 
 		 205 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 292 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    97.14 
 
 		 296 bp  61.9  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 386 bp  61.9  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 297 bp  61.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 291 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  97.14 
 
 		 292 bp  61.9  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 305 bp  61.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 304 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    97.14 
 
 		 295 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 304 bp  61.9  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  97.14 
 
 		 302 bp  61.9  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    97.14 
 
 		 350 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 292 bp  61.9  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 352 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>