204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4302 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  100 
 
 
303 bp  601  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  100 
 
 
303 bp  601  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  98.02 
 
 
303 bp  553  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  98.02 
 
 
303 bp  553  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  98.02 
 
 
303 bp  553  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  95.38 
 
 
303 bp  490  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  95.38 
 
 
301 bp  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  95.38 
 
 
301 bp  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  95.38 
 
 
301 bp  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  95.38 
 
 
301 bp  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  95.05 
 
 
301 bp  476  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  94.72 
 
 
301 bp  468  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    94.72 
 
 
301 bp  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  94.72 
 
 
301 bp  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  94.72 
 
 
301 bp  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  94.39 
 
 
301 bp  460  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  94.06 
 
 
301 bp  452  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  84.16 
 
 
296 bp  214  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  87.75 
 
 
302 bp  206  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  86.58 
 
 
305 bp  194  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  87.32 
 
 
298 bp  192  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  83.83 
 
 
299 bp  190  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    83.5 
 
 
298 bp  184  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  83.5 
 
 
298 bp  184  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  83.5 
 
 
298 bp  184  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  86.14 
 
 
308 bp  180  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  83.45 
 
 
304 bp  178  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  82.95 
 
 
300 bp  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  86.7 
 
 
296 bp  174  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  85.94 
 
 
298 bp  167  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  81.97 
 
 
300 bp  163  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  81.97 
 
 
300 bp  163  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  81.97 
 
 
300 bp  163  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  85.42 
 
 
302 bp  159  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  85.64 
 
 
299 bp  157  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  83.2 
 
 
295 bp  155  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    83.74 
 
 
295 bp  147  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  83.74 
 
 
295 bp  147  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  84.46 
 
 
298 bp  145  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  84.38 
 
 
299 bp  143  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  83.25 
 
 
293 bp  139  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  83.25 
 
 
295 bp  139  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  83.94 
 
 
298 bp  137  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 
317 bp  135  7.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  82.67 
 
 
292 bp  129  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  83.08 
 
 
297 bp  129  5e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  81.56 
 
 
305 bp  123  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 
291 bp  119  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 
331 bp  119  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 
306 bp  119  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  91.3 
 
 
294 bp  119  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  83.41 
 
 
305 bp  115  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  90.22 
 
 
291 bp  111  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  93.42 
 
 
296 bp  111  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  82.27 
 
 
298 bp  109  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2222  bacterial RNase P, class A  92.11 
 
 
292 bp  103  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  81.28 
 
 
302 bp  101  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  88.42 
 
 
332 bp  101  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0061  RNA component of RNaseP  89.01 
 
 
295 bp  101  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.773331  unclonable  0.00000000000486767 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 
347 bp  97.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    92.59 
 
 
350 bp  97.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 
347 bp  97.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    92.59 
 
 
347 bp  97.6  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 
350 bp  97.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 
347 bp  97.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  92.59 
 
 
304 bp  97.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  92.59 
 
 
347 bp  97.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    92.59 
 
 
347 bp  97.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  90.79 
 
 
359 bp  95.6  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    89.13 
 
 
205 bp  95.6  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    89.13 
 
 
205 bp  95.6  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  91.36 
 
 
350 bp  89.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    94.23 
 
 
296 bp  79.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  85.87 
 
 
312 bp  79.8  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    94.23 
 
 
296 bp  79.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 
322 bp  77.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 
359 bp  71.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  100 
 
 
349 bp  69.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  97.44 
 
 
292 bp  69.9  0.0000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 
335 bp  69.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 
307 bp  69.9  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  87.34 
 
 
365 bp  69.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    97.37 
 
 
363 bp  67.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 
355 bp  67.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 
354 bp  67.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004499  hypothetical protein  97.37 
 
 
213 bp  67.9  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.817153  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 
352 bp  65.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 
386 bp  65.9  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  84.95 
 
 
353 bp  65.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 
352 bp  65.9  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    100 
 
 
352 bp  63.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    100 
 
 
341 bp  63.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 
369 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  93.18 
 
 
357 bp  63.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  100 
 
 
358 bp  63.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 
342 bp  63.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  93.18 
 
 
338 bp  63.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0036  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 
312 bp  61.9  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.792422 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 
120 bp  61.9  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 
323 bp  61.9  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>