143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0037 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 356 bp  706    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  96.91 
 
 		 353 bp  605  1.0000000000000001e-171  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  85.35 
 
 		 354 bp  240  2e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  84.92 
 
 		 340 bp  218  8e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  89.12 
 
 		 348 bp  208  8e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  88.83 
 
 		 348 bp  200  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  86.76 
 
 		 318 bp  196  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  86.76 
 
 		 352 bp  196  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  88.71 
 
 		 339 bp  196  3e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    86.76 
 
 		 352 bp  196  3e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  84.29 
 
 		 345 bp  192  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 309 bp  184  1e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  87.24 
 
 		 332 bp  182  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  86.98 
 
 		 328 bp  178  7e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 316 bp  178  7e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  86.7 
 
 		 427 bp  172  4e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  86.22 
 
 		 333 bp  163  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  85.94 
 
 		 328 bp  155  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  84.39 
 
 		 354 bp  153  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  84.74 
 
 		 341 bp  145  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  84.34 
 
 		 339 bp  141  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  84.69 
 
 		 326 bp  139  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  84.66 
 
 		 324 bp  133  4.0000000000000003e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  93.41 
 
 		 369 bp  133  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  84.49 
 
 		 317 bp  133  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  83.07 
 
 		 312 bp  121  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  82.09 
 
 		 334 bp  117  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  91.76 
 
 		 338 bp  113  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  82.61 
 
 		 184 bp  109  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 326 bp  91.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  87.5 
 
 		 337 bp  87.7  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  87.06 
 
 		 325 bp  81.8  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 284 bp  75.8  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 347 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 347 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 304 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  85.39 
 
 		 347 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 347 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    85.39 
 
 		 347 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    85.39 
 
 		 347 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    85.39 
 
 		 350 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 303 bp  73.8  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    85.23 
 
 		 330 bp  71.9  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 308 bp  71.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 373 bp  69.9  0.0000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  69.9  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  86.81 
 
 		 398 bp  69.9  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  87.34 
 
 		 328 bp  69.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  86.05 
 
 		 233 bp  67.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  84.88 
 
 		 261 bp  60  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  100 
 
 		 353 bp  60  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 120 bp  60  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  60  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    100 
 
 		 320 bp  60  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  84.44 
 
 		 350 bp  60  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  84.88 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 322 bp  60  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  83.15 
 
 		 299 bp  58  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 285 bp  58  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0005  RNase P class A  96.97 
 
 		 280 bp  58  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  96.97 
 
 		 422 bp  58  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 364 bp  58  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2169  RNA component of RNase P  94.59 
 
 		 275 bp  58  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 333 bp  58  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  96.97 
 
 		 396 bp  58  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0005  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 280 bp  58  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.500328  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    96.97 
 
 		 344 bp  58  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 391 bp  58  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 333 bp  58  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 283 bp  56  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 281 bp  56  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  100 
 
 		 302 bp  56  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 333 bp  56  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  56  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 332 bp  56  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 354 bp  56  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 323 bp  54  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  96.77 
 
 		 966 bp  54  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 306 bp  54  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0030  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 353 bp  52  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 346 bp  52  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  90.48 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 345 bp  52  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>