132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0038 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  690    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  90.96 
 
 		 340 bp  234  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  89.06 
 
 		 354 bp  212  5e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  88.83 
 
 		 356 bp  200  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 353 bp  200  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  88.6 
 
 		 339 bp  196  3e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 345 bp  190  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  84.03 
 
 		 309 bp  178  7e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  84.19 
 
 		 348 bp  176  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 316 bp  170  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  85.79 
 
 		 333 bp  165  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  85.86 
 
 		 317 bp  161  2e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  85.79 
 
 		 328 bp  153  4e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  84.74 
 
 		 339 bp  147  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  85.05 
 
 		 341 bp  147  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  84.97 
 
 		 427 bp  145  9e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  84.21 
 
 		 324 bp  139  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  84.44 
 
 		 184 bp  139  6.0000000000000005e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  84.82 
 
 		 332 bp  139  6.0000000000000005e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  84.74 
 
 		 328 bp  139  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  84.77 
 
 		 326 bp  139  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 334 bp  131  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  82.74 
 
 		 318 bp  119  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  82.74 
 
 		 352 bp  119  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    82.74 
 
 		 352 bp  119  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  93.59 
 
 		 338 bp  115  8.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  79.94 
 
 		 337 bp  105  8e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  89.77 
 
 		 325 bp  103  3e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  82.45 
 
 		 312 bp  95.6  8e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  84.4 
 
 		 299 bp  89.7  5e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 369 bp  87.7  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  87.5 
 
 		 354 bp  87.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 328 bp  67.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  100 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 350 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  100 
 
 		 296 bp  61.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 304 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  93.02 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 323 bp  61.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  100 
 
 		 302 bp  61.9  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    93.02 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    93.02 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    93.02 
 
 		 350 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 332 bp  61.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 345 bp  61.9  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 306 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  85.14 
 
 		 308 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 120 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 283 bp  56  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    84.21 
 
 		 330 bp  56  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 281 bp  56  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  56  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 284 bp  56  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  96.77 
 
 		 315 bp  54  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 398 bp  54  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 297 bp  54  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 331 bp  54  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 299 bp  54  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 307 bp  54  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 313 bp  54  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 213 bp  54  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  96.77 
 
 		 966 bp  54  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 326 bp  54  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 343 bp  54  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 357 bp  54  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 356 bp  54  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 297 bp  54  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 303 bp  54  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  100 
 
 		 346 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 305 bp  52  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    96.55 
 
 		 293 bp  50.1  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 373 bp  50.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 285 bp  50.1  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>