159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0012 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 357 bp  708    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  99.55 
 
 		 356 bp  436  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  92.17 
 
 		 326 bp  295  4e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  91.07 
 
 		 327 bp  285  4.0000000000000003e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  91.28 
 
 		 315 bp  281  6e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    87.27 
 
 		 330 bp  190  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  88.57 
 
 		 315 bp  188  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  89.9 
 
 		 308 bp  101  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 		 398 bp  87.7  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  81.4 
 
 		 301 bp  79.8  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 303 bp  79.8  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  86.81 
 
 		 396 bp  77.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 372 bp  73.8  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 333 bp  73.8  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 333 bp  73.8  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 363 bp  67.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 323 bp  67.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  85.57 
 
 		 329 bp  65.9  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 284 bp  65.9  0.000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    97.3 
 
 		 303 bp  65.9  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 301 bp  63.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 328 bp  60  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 327 bp  60  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 288 bp  60  0.0000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    97.06 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 299 bp  58  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 354 bp  58  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  82.8 
 
 		 373 bp  58  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 298 bp  58  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    96.97 
 
 		 295 bp  58  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 333 bp  58  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    89.8 
 
 		 363 bp  58  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.88 
 
 		 359 bp  56  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 303 bp  56  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 332 bp  56  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 303 bp  56  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.88 
 
 		 296 bp  56  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  86.76 
 
 		 326 bp  56  0.000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  96.88 
 
 		 298 bp  56  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.88 
 
 		 302 bp  56  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  94.44 
 
 		 422 bp  56  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 312 bp  56  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 364 bp  56  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0097  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 346 bp  56  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 291 bp  56  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  94.29 
 
 		 261 bp  54  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 366 bp  54  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  94.29 
 
 		 296 bp  54  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 418 bp  54  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  94.29 
 
 		 304 bp  54  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 374 bp  54  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 307 bp  54  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 348 bp  54  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  94.29 
 
 		 308 bp  54  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  86.44 
 
 		 306 bp  54  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    96.77 
 
 		 296 bp  54  0.00003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  94.12 
 
 		 293 bp  52  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 292 bp  52  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 302 bp  52  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 291 bp  52  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  84.15 
 
 		 304 bp  52  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 309 bp  52  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  85.39 
 
 		 292 bp  52  0.0001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 305 bp  52  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 331 bp  52  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 306 bp  52  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  94.12 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 294 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 326 bp  52  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 213 bp  52  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    94.12 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 359 bp  52  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 292 bp  52  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>