202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0031 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 339 bp  672    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  91.05 
 
 		 427 bp  236  3e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 354 bp  214  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  90.32 
 
 		 340 bp  212  5e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  89.19 
 
 		 353 bp  200  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  88.6 
 
 		 348 bp  196  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  88.71 
 
 		 356 bp  196  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  83.01 
 
 		 318 bp  192  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  83.01 
 
 		 352 bp  192  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    83.01 
 
 		 352 bp  192  4e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 348 bp  182  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  87.63 
 
 		 328 bp  180  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  83.12 
 
 		 354 bp  180  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 309 bp  176  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 316 bp  172  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  86.56 
 
 		 317 bp  165  1e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  86.7 
 
 		 345 bp  163  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  85.56 
 
 		 332 bp  149  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  85.5 
 
 		 369 bp  141  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  85.26 
 
 		 324 bp  133  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  84.49 
 
 		 326 bp  119  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  92.05 
 
 		 328 bp  119  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  92.05 
 
 		 333 bp  119  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  92.05 
 
 		 341 bp  119  5e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 334 bp  111  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  89.77 
 
 		 339 bp  103  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  92.41 
 
 		 328 bp  101  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  86.23 
 
 		 301 bp  99.6  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  88.76 
 
 		 337 bp  97.6  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  91.03 
 
 		 347 bp  91.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  91.03 
 
 		 120 bp  91.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  91.46 
 
 		 298 bp  91.7  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  91.03 
 
 		 347 bp  91.7  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  92.06 
 
 		 326 bp  85.7  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    89.33 
 
 		 341 bp  85.7  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  82.96 
 
 		 307 bp  83.8  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    90.12 
 
 		 358 bp  81.8  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 284 bp  79.8  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 338 bp  79.8  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  89.16 
 
 		 305 bp  77.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  89.16 
 
 		 303 bp  77.8  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  88.73 
 
 		 184 bp  77.8  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  89.16 
 
 		 302 bp  77.8  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  89.16 
 
 		 303 bp  77.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  89.16 
 
 		 301 bp  77.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 304 bp  75.8  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  83.61 
 
 		 322 bp  75.8  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 312 bp  73.8  0.00000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    88.89 
 
 		 303 bp  73.8  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 326 bp  73.8  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  85.23 
 
 		 299 bp  71.9  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    86.84 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    86.84 
 
 		 330 bp  71.9  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  86.84 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  88.1 
 
 		 285 bp  71.9  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    86.84 
 
 		 350 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  90.28 
 
 		 301 bp  71.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    86.84 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  69.9  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 308 bp  69.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 350 bp  69.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  87.95 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  87.8 
 
 		 299 bp  67.9  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 335 bp  65.9  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 283 bp  63.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  93.18 
 
 		 291 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 298 bp  63.9  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 281 bp  63.9  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 332 bp  63.9  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  86.75 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 368 bp  61.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  86.75 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  85.71 
 
 		 294 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2566  hypothetical protein  100 
 
 		 966 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000598494  normal  0.490219 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 312 bp  61.9  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  86.75 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  86.75 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  97.06 
 
 		 359 bp  60  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  86.59 
 
 		 296 bp  60  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 369 bp  60  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0064  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 316 bp  60  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0444698  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  100 
 
 		 350 bp  60  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  86.59 
 
 		 295 bp  60  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  96.97 
 
 		 292 bp  58  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>