118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0014 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 308 bp  611  1e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  83.12 
 
 		 301 bp  182  4e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  92.55 
 
 		 373 bp  131  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  82.19 
 
 		 304 bp  125  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  81.29 
 
 		 306 bp  123  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    83.04 
 
 		 330 bp  109  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 301 bp  107  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  89.9 
 
 		 357 bp  101  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  89.9 
 
 		 356 bp  101  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  85.59 
 
 		 326 bp  77.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 356 bp  71.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 353 bp  71.9  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 339 bp  69.9  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  90.57 
 
 		 315 bp  65.9  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  90.38 
 
 		 327 bp  63.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  83.19 
 
 		 329 bp  61.9  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  100 
 
 		 353 bp  60  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  60  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 233 bp  60  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 323 bp  60  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    100 
 
 		 320 bp  60  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  97.06 
 
 		 422 bp  60  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 364 bp  60  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    91.3 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 285 bp  60  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  97.06 
 
 		 396 bp  60  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 328 bp  60  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  85.14 
 
 		 348 bp  60  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 309 bp  58  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 338 bp  58  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0005  RNase P class A  96.97 
 
 		 280 bp  58  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 332 bp  58  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0005  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 280 bp  58  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.500328  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    96.97 
 
 		 344 bp  58  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 333 bp  58  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 391 bp  58  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  83.95 
 
 		 325 bp  58  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 333 bp  58  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 312 bp  58  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 328 bp  56  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 324 bp  56  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 318 bp  56  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 352 bp  56  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 295 bp  56  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 333 bp  56  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 313 bp  56  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    94.44 
 
 		 352 bp  56  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 333 bp  56  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2169  RNA component of RNase P  94.44 
 
 		 275 bp  56  0.000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 348 bp  56  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 390 bp  56  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 332 bp  56  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 345 bp  56  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 332 bp  56  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  92.5 
 
 		 340 bp  56  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 298 bp  56  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 427 bp  56  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    84.21 
 
 		 303 bp  54  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 315 bp  54  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 354 bp  54  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 378 bp  52  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  100 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    96.67 
 
 		 348 bp  52  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 346 bp  52  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0030  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 353 bp  52  0.00009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 346 bp  52  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 345 bp  52  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 297 bp  52  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  92.11 
 
 		 317 bp  52  0.00009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 303 bp  52  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  93.94 
 
 		 261 bp  50.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  93.94 
 
 		 326 bp  50.1  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  93.94 
 
 		 359 bp  50.1  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 368 bp  50.1  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 339 bp  50.1  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 334 bp  50.1  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  91.89 
 
 		 337 bp  50.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 354 bp  50.1  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    93.94 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 360 bp  50.1  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 335 bp  50.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 294 bp  50.1  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 363 bp  48.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 305 bp  48.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 184 bp  48.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 341 bp  48.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 316 bp  48.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>