84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0036 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  100 
 
 		 337 bp  668    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 184 bp  192  4e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  85 
 
 		 333 bp  159  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  84.18 
 
 		 326 bp  133  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  83.84 
 
 		 334 bp  131  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 328 bp  129  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  93.18 
 
 		 309 bp  127  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  93.18 
 
 		 348 bp  127  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  83.58 
 
 		 332 bp  125  8e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  92.05 
 
 		 316 bp  119  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  82.67 
 
 		 339 bp  119  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  90.91 
 
 		 324 bp  111  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 354 bp  111  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  79.94 
 
 		 348 bp  105  8e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  82.32 
 
 		 328 bp  105  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  82.29 
 
 		 340 bp  105  8e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  89.89 
 
 		 317 bp  105  8e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  89.77 
 
 		 338 bp  103  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  82.83 
 
 		 345 bp  101  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  85.03 
 
 		 341 bp  101  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  88.76 
 
 		 339 bp  97.6  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  87.64 
 
 		 312 bp  89.7  5e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  84.72 
 
 		 299 bp  89.7  5e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 356 bp  87.7  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 353 bp  87.7  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  81.22 
 
 		 325 bp  79.8  0.0000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 427 bp  79.8  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 303 bp  71.9  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 284 bp  71.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 312 bp  67.9  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  100 
 
 		 313 bp  67.9  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  89.47 
 
 		 353 bp  65.9  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 328 bp  65.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    89.47 
 
 		 348 bp  65.9  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 306 bp  63.9  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  97.06 
 
 		 347 bp  60  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 345 bp  60  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 343 bp  60  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 323 bp  58  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  87.72 
 
 		 346 bp  58  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    96.77 
 
 		 341 bp  54  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 318 bp  54  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    96.77 
 
 		 352 bp  54  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 352 bp  54  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  83.33 
 
 		 315 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    88.89 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    93.94 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 308 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0097  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 346 bp  50.1  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2169  RNA component of RNase P  91.89 
 
 		 275 bp  50.1  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    82.89 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 350 bp  48.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  85 
 
 		 378 bp  48.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  91.67 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 373 bp  48.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 302 bp  46.1  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0030  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 353 bp  46.1  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 295 bp  46.1  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 332 bp  46.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.3 
 
 		 359 bp  46.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    93.55 
 
 		 205 bp  46.1  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    93.55 
 
 		 205 bp  46.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 304 bp  46.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    91.43 
 
 		 293 bp  46.1  0.006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.3 
 
 		 296 bp  46.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 372 bp  46.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.3 
 
 		 302 bp  46.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  93.55 
 
 		 354 bp  46.1  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 295 bp  46.1  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 295 bp  46.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    93.55 
 
 		 295 bp  46.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  93.55 
 
 		 296 bp  46.1  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  82.28 
 
 		 294 bp  46.1  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>