164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GsrnpB1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  100 
 
 		 315 bp  624  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  98.2 
 
 		 327 bp  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  87.73 
 
 		 326 bp  341  7e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  87.62 
 
 		 315 bp  315  3.9999999999999997e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  91.74 
 
 		 356 bp  289  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  91.28 
 
 		 357 bp  281  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    85.91 
 
 		 330 bp  167  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 303 bp  103  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  90.79 
 
 		 363 bp  95.6  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 301 bp  95.6  7e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  86.67 
 
 		 333 bp  95.6  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  91.78 
 
 		 328 bp  91.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  80.83 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  83.82 
 
 		 349 bp  83.8  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  84.33 
 
 		 396 bp  83.8  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 372 bp  81.8  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 398 bp  79.8  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    88.16 
 
 		 358 bp  79.8  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 386 bp  77.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 369 bp  77.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 366 bp  77.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 418 bp  77.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 355 bp  77.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 374 bp  77.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  94.12 
 
 		 365 bp  77.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    85.32 
 
 		 341 bp  77.8  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  84.33 
 
 		 333 bp  75.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  84.33 
 
 		 333 bp  75.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 335 bp  73.8  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  90.16 
 
 		 352 bp  73.8  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  90.16 
 
 		 352 bp  73.8  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  90.16 
 
 		 358 bp  73.8  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 323 bp  67.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    88.71 
 
 		 352 bp  67.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  87.01 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  89.23 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  88.52 
 
 		 359 bp  65.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  87.01 
 
 		 332 bp  65.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 284 bp  65.9  0.000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  90.57 
 
 		 308 bp  65.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 297 bp  63.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 298 bp  63.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    85.53 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 330 bp  61.9  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0285718 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  87.3 
 
 		 331 bp  61.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 327 bp  60  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 316 bp  60  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 333 bp  60  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 348 bp  60  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 354 bp  60  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 288 bp  60  0.0000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  84.54 
 
 		 329 bp  58  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  81.48 
 
 		 339 bp  58  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    96.97 
 
 		 295 bp  58  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  89.8 
 
 		 338 bp  58  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  82.95 
 
 		 325 bp  56  0.000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.88 
 
 		 359 bp  56  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 309 bp  56  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 307 bp  56  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.88 
 
 		 296 bp  56  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 298 bp  56  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    81.48 
 
 		 320 bp  56  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.88 
 
 		 302 bp  56  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  92.5 
 
 		 422 bp  56  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0097  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 346 bp  56  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 332 bp  56  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 291 bp  56  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  94.29 
 
 		 261 bp  54  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  87.27 
 
 		 353 bp  54  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rnpBVIMSS1309424  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  100 
 
 		 398 bp  54  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    87.27 
 
 		 348 bp  54  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  87.27 
 
 		 346 bp  54  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  94.29 
 
 		 304 bp  54  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 364 bp  54  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  94.29 
 
 		 308 bp  54  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 348 bp  54  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 302 bp  52  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 305 bp  52  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 331 bp  52  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  83.33 
 
 		 337 bp  52  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    94.12 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 306 bp  52  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 213 bp  52  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    94.12 
 
 		 301 bp  52  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  100 
 
 		 346 bp  52  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  52  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 294 bp  52  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>