154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0053 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  100 
 
 		 326 bp  646    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  87.73 
 
 		 315 bp  341  7e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  92.04 
 
 		 356 bp  305  4.0000000000000003e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  91.59 
 
 		 327 bp  297  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  92.17 
 
 		 357 bp  295  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  86.28 
 
 		 315 bp  250  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    86.16 
 
 		 330 bp  174  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  91.36 
 
 		 372 bp  105  8e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  90.79 
 
 		 303 bp  95.6  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  83.57 
 
 		 301 bp  87.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  85.59 
 
 		 308 bp  77.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  86.87 
 
 		 329 bp  77.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 359 bp  73.8  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 358 bp  73.8  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  81.94 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    86.84 
 
 		 303 bp  71.9  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 309 bp  71.9  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 284 bp  67.9  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 369 bp  65.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 366 bp  65.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 418 bp  65.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  87.01 
 
 		 332 bp  65.9  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    85.39 
 
 		 341 bp  65.9  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 374 bp  65.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  89.29 
 
 		 352 bp  63.9  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 301 bp  63.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  83.7 
 
 		 373 bp  63.9  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  89.29 
 
 		 352 bp  63.9  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    85.53 
 
 		 358 bp  63.9  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 288 bp  61.9  0.0000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  83.52 
 
 		 323 bp  61.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 333 bp  61.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 364 bp  61.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  61.9  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  92.86 
 
 		 342 bp  60  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 305 bp  60  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 306 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 316 bp  60  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 328 bp  60  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    97.06 
 
 		 295 bp  60  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  94.59 
 
 		 261 bp  58  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 386 bp  58  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 355 bp  58  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  94.59 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  91.11 
 
 		 365 bp  58  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  94.59 
 
 		 308 bp  58  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 298 bp  56  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 363 bp  56  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 398 bp  56  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  86.76 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 333 bp  56  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 333 bp  56  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rnpBVIMSS1309424  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  96.88 
 
 		 398 bp  56  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 335 bp  56  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  82.61 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 291 bp  56  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 327 bp  56  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  96.77 
 
 		 338 bp  54  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  96.77 
 
 		 422 bp  54  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    90.7 
 
 		 352 bp  54  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 317 bp  54  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 298 bp  54  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 298 bp  54  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    100 
 
 		 205 bp  52  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 302 bp  52  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  94.12 
 
 		 396 bp  52  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  94.12 
 
 		 349 bp  52  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  52  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 331 bp  52  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  52  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  100 
 
 		 296 bp  52  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 306 bp  52  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 334 bp  52  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    100 
 
 		 295 bp  52  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    100 
 
 		 296 bp  52  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>