169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0061 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 418 bp  829    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  91.49 
 
 		 369 bp  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  87.74 
 
 		 355 bp  365  7.0000000000000005e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 366 bp  351  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  93.78 
 
 		 374 bp  335  6e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  87.9 
 
 		 365 bp  335  6e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  87.3 
 
 		 386 bp  240  3e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  84.88 
 
 		 338 bp  155  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  84.76 
 
 		 359 bp  143  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  81.99 
 
 		 349 bp  131  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    82.38 
 
 		 341 bp  125  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  94.81 
 
 		 333 bp  121  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  93.67 
 
 		 358 bp  117  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  81.13 
 
 		 322 bp  115  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  81.55 
 
 		 396 bp  115  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  90.11 
 
 		 333 bp  109  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  92.41 
 
 		 352 bp  109  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 		 364 bp  109  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  92.41 
 
 		 352 bp  109  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  89.36 
 
 		 422 bp  107  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  92.21 
 
 		 333 bp  105  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    92.21 
 
 		 352 bp  105  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  92.21 
 
 		 335 bp  105  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  89.66 
 
 		 331 bp  101  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  89.53 
 
 		 332 bp  99.6  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  80.82 
 
 		 354 bp  97.6  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    89.61 
 
 		 363 bp  89.7  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  86.32 
 
 		 378 bp  85.7  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  86.67 
 
 		 357 bp  83.8  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    87.5 
 
 		 320 bp  79.8  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  94.12 
 
 		 315 bp  77.8  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  88.61 
 
 		 302 bp  77.8  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 326 bp  73.8  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 294 bp  73.8  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  85.39 
 
 		 346 bp  73.8  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  85.39 
 
 		 294 bp  73.8  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  100 
 
 		 292 bp  71.9  0.0000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  100 
 
 		 359 bp  69.9  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    85.71 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  69.9  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    85.71 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  86.81 
 
 		 298 bp  69.9  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  100 
 
 		 293 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 292 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 302 bp  67.9  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 291 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    100 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 299 bp  67.9  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  100 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  100 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  93.48 
 
 		 317 bp  67.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  84.44 
 
 		 346 bp  67.9  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 342 bp  65.9  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  91.84 
 
 		 398 bp  65.9  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  93.33 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 315 bp  65.9  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 329 bp  63.9  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 369 bp  63.9  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  100 
 
 		 354 bp  63.9  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    100 
 
 		 303 bp  63.9  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  63.9  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    97.14 
 
 		 205 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    97.14 
 
 		 205 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 297 bp  61.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 312 bp  61.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 305 bp  61.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 350 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 299 bp  61.9  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 304 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 304 bp  61.9  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  90.2 
 
 		 356 bp  61.9  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    97.14 
 
 		 350 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>