141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0003 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 315 bp  624  1e-177  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  87.62 
 
 		 315 bp  315  3.9999999999999997e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  86.28 
 
 		 326 bp  250  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  87.67 
 
 		 327 bp  220  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  86.24 
 
 		 356 bp  194  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  88.57 
 
 		 357 bp  188  6e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    83.52 
 
 		 330 bp  103  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 303 bp  103  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  81.25 
 
 		 301 bp  87.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  84.72 
 
 		 396 bp  79.8  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    88.16 
 
 		 358 bp  79.8  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    88.16 
 
 		 303 bp  79.8  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 372 bp  73.8  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 323 bp  71.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 333 bp  71.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  85.54 
 
 		 333 bp  69.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  85.54 
 
 		 333 bp  69.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 369 bp  65.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 366 bp  65.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 418 bp  65.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 284 bp  65.9  0.000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    85.71 
 
 		 341 bp  65.9  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 374 bp  65.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 297 bp  63.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  84.44 
 
 		 349 bp  63.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 309 bp  63.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  84.52 
 
 		 328 bp  63.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 352 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  100 
 
 		 338 bp  61.9  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  100 
 
 		 422 bp  61.9  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 352 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 358 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 327 bp  61.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 288 bp  60  0.0000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  85.37 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 213 bp  60  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 386 bp  58  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  58  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 355 bp  58  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    96.97 
 
 		 295 bp  58  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 332 bp  58  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  96.97 
 
 		 365 bp  58  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  91.11 
 
 		 331 bp  58  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  100 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 322 bp  58  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  100 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 373 bp  56  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 301 bp  56  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 364 bp  56  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 307 bp  56  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 291 bp  56  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    90.91 
 
 		 352 bp  56  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  94.29 
 
 		 261 bp  54  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    100 
 
 		 205 bp  54  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    100 
 
 		 205 bp  54  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 359 bp  54  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 329 bp  54  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  54  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  100 
 
 		 296 bp  54  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    84.81 
 
 		 320 bp  54  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  94.29 
 
 		 304 bp  54  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  94.29 
 
 		 308 bp  54  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 302 bp  54  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 308 bp  54  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 354 bp  54  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    100 
 
 		 295 bp  54  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 302 bp  52  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 363 bp  52  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 331 bp  52  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 296 bp  52  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    94.12 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 306 bp  52  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 317 bp  52  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    100 
 
 		 296 bp  52  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    100 
 
 		 296 bp  52  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 292 bp  52  0.00009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 296 bp  52  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>