134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0042 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  597  1e-169  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  94.62 
 
 		 373 bp  145  8e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 306 bp  119  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  83.42 
 
 		 301 bp  107  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 308 bp  107  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  89.01 
 
 		 326 bp  101  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  86.23 
 
 		 339 bp  99.6  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  92.11 
 
 		 315 bp  95.6  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  82.39 
 
 		 304 bp  89.7  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    86.81 
 
 		 330 bp  85.7  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  81.38 
 
 		 325 bp  77.8  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 303 bp  75.8  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    85.47 
 
 		 303 bp  75.8  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 356 bp  71.9  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  82.61 
 
 		 340 bp  67.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    100 
 
 		 344 bp  65.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 285 bp  63.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  86.84 
 
 		 326 bp  63.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 316 bp  63.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 390 bp  63.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 357 bp  63.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 386 bp  61.9  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 355 bp  61.9  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  88.06 
 
 		 372 bp  61.9  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 356 bp  61.9  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  95.35 
 
 		 365 bp  61.9  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  81.15 
 
 		 348 bp  61.9  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 353 bp  61.9  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  85.44 
 
 		 333 bp  60  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  97.06 
 
 		 422 bp  60  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 364 bp  60  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  97.06 
 
 		 396 bp  60  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  85.44 
 
 		 333 bp  60  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 333 bp  58  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    93.33 
 
 		 352 bp  58  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 360 bp  58  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.88 
 
 		 359 bp  56  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 329 bp  56  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0071  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 338 bp  56  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0880759  normal  0.202054 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 391 bp  56  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 328 bp  56  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    94.44 
 
 		 358 bp  56  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 315 bp  56  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 345 bp  56  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    94.44 
 
 		 295 bp  56  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  83.91 
 
 		 284 bp  54  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 369 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 366 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 418 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 299 bp  54  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 307 bp  54  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 369 bp  54  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  94.29 
 
 		 354 bp  54  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  90.91 
 
 		 331 bp  54  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  83.13 
 
 		 328 bp  54  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 352 bp  54  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    93.02 
 
 		 341 bp  54  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 358 bp  54  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 374 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 297 bp  54  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  93.02 
 
 		 352 bp  54  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WprnpB1  WprnpB1  94.12 
 
 		 292 bp  52  0.00009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  96.67 
 
 		 353 bp  52  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 309 bp  52  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 348 bp  52  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 233 bp  52  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  82.93 
 
 		 339 bp  52  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 378 bp  52  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 323 bp  52  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    96.67 
 
 		 320 bp  52  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 398 bp  52  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 346 bp  52  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  93.94 
 
 		 326 bp  50.1  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  93.94 
 
 		 293 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 291 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  93.94 
 
 		 292 bp  50.1  0.0004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 342 bp  50.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 368 bp  50.1  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  82.72 
 
 		 338 bp  50.1  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  90.24 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  93.94 
 
 		 302 bp  50.1  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  93.94 
 
 		 294 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  93.94 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 332 bp  50.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 332 bp  50.1  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    93.94 
 
 		 295 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    90.24 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    90.24 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    90.24 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 290 bp  50.1  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 294 bp  50.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  93.94 
 
 		 288 bp  50.1  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  93.94 
 
 		 346 bp  50.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  93.94 
 
 		 294 bp  50.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>