172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0007 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  100 
 
 		 294 bp  583  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  94.92 
 
 		 295 bp  458  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  94.56 
 
 		 293 bp  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  94.54 
 
 		 292 bp  446  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  94.24 
 
 		 295 bp  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    94.24 
 
 		 295 bp  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  93.54 
 
 		 296 bp  432  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  93.15 
 
 		 291 bp  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0061  RNA component of RNaseP  86.1 
 
 		 295 bp  252  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.773331  unclonable  0.00000000000486767 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  90.82 
 
 		 297 bp  232  4e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  85.57 
 
 		 298 bp  218  7e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  84.95 
 
 		 299 bp  216  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  84.23 
 
 		 298 bp  196  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  83.78 
 
 		 295 bp  182  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  82.78 
 
 		 302 bp  172  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 296 bp  168  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  85.65 
 
 		 304 bp  163  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    86.57 
 
 		 205 bp  161  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    86.57 
 
 		 205 bp  161  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  88.57 
 
 		 294 bp  143  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  88.57 
 
 		 294 bp  143  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  88.57 
 
 		 346 bp  143  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  84.62 
 
 		 296 bp  141  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  84.29 
 
 		 305 bp  141  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    88.46 
 
 		 298 bp  131  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 298 bp  131  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 298 bp  131  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 299 bp  131  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 298 bp  131  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 300 bp  129  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 300 bp  129  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 300 bp  129  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  87.05 
 
 		 359 bp  121  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  87.6 
 
 		 298 bp  121  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  80.66 
 
 		 305 bp  119  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 303 bp  119  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 303 bp  119  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  91.3 
 
 		 303 bp  119  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  91.3 
 
 		 303 bp  119  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    91.3 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  89.69 
 
 		 331 bp  113  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  89.69 
 
 		 306 bp  113  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  90.22 
 
 		 303 bp  111  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  90.22 
 
 		 303 bp  111  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  92.41 
 
 		 302 bp  109  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  90.11 
 
 		 317 bp  109  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2222  bacterial RNase P, class A  92.31 
 
 		 292 bp  107  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  85.82 
 
 		 300 bp  101  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    81.17 
 
 		 296 bp  99.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    81.17 
 
 		 296 bp  99.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  86.05 
 
 		 291 bp  97.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  88.04 
 
 		 302 bp  95.6  7e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  88.04 
 
 		 299 bp  95.6  7e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  86.02 
 
 		 298 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  85.87 
 
 		 312 bp  79.8  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 386 bp  71.9  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  97.5 
 
 		 309 bp  71.9  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  95.45 
 
 		 322 bp  71.9  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 369 bp  69.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  100 
 
 		 292 bp  69.9  0.0000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 355 bp  69.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  97.44 
 
 		 354 bp  69.9  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  84.62 
 
 		 308 bp  69.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 		 348 bp  69.9  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  97.37 
 
 		 349 bp  67.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 366 bp  67.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 418 bp  67.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 342 bp  67.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 374 bp  67.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  97.37 
 
 		 338 bp  67.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  100 
 
 		 365 bp  67.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    97.37 
 
 		 303 bp  67.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    97.37 
 
 		 358 bp  67.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 284 bp  65.9  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 369 bp  65.9  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0064  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 316 bp  63.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0444698  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 359 bp  63.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 427 bp  63.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  95 
 
 		 358 bp  63.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 312 bp  61.9  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 335 bp  61.9  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 350 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  94.87 
 
 		 303 bp  61.9  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 304 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 354 bp  61.9  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    97.14 
 
 		 347 bp  61.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>