166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0024 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  100 
 
 		 349 bp  692    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  87.63 
 
 		 333 bp  190  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  87.11 
 
 		 333 bp  182  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  86.5 
 
 		 322 bp  174  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  86.67 
 
 		 396 bp  159  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    85.44 
 
 		 341 bp  157  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  85.07 
 
 		 355 bp  147  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  85.07 
 
 		 333 bp  147  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  84.85 
 
 		 338 bp  145  9e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  94.38 
 
 		 422 bp  137  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  92.71 
 
 		 374 bp  135  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  82.38 
 
 		 369 bp  135  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  81.99 
 
 		 418 bp  131  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  82.27 
 
 		 358 bp  127  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  93.1 
 
 		 331 bp  125  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  92.13 
 
 		 378 bp  121  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  92.13 
 
 		 364 bp  121  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  82.84 
 
 		 365 bp  119  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  83.08 
 
 		 346 bp  117  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  81.6 
 
 		 352 bp  109  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  81.6 
 
 		 352 bp  109  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  89.36 
 
 		 386 bp  107  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  81.6 
 
 		 366 bp  107  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  81.37 
 
 		 359 bp  105  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  84.4 
 
 		 335 bp  103  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  85.95 
 
 		 307 bp  101  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  89.53 
 
 		 332 bp  99.6  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    87.63 
 
 		 352 bp  97.6  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  86.87 
 
 		 357 bp  93.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  84.17 
 
 		 326 bp  93.7  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  87.64 
 
 		 353 bp  89.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    87.64 
 
 		 348 bp  89.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  89.61 
 
 		 354 bp  89.7  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    88.61 
 
 		 320 bp  85.7  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  83.82 
 
 		 315 bp  83.8  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  87.23 
 
 		 299 bp  83.8  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  86.02 
 
 		 346 bp  81.8  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    86.52 
 
 		 363 bp  81.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  86.02 
 
 		 294 bp  81.8  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  86.02 
 
 		 294 bp  81.8  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  87.34 
 
 		 346 bp  77.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  89.19 
 
 		 427 bp  75.8  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  87.8 
 
 		 292 bp  75.8  0.000000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  100 
 
 		 296 bp  75.8  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 303 bp  73.8  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  83.72 
 
 		 304 bp  73.8  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  87.65 
 
 		 302 bp  73.8  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 302 bp  71.9  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  71.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  71.9  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 312 bp  69.9  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  69.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    100 
 
 		 298 bp  69.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 		 296 bp  69.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  69.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 317 bp  69.9  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  69.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 301 bp  69.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  69.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  100 
 
 		 303 bp  69.9  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  97.37 
 
 		 293 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 292 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 297 bp  67.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 291 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 331 bp  67.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  87.84 
 
 		 342 bp  67.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 291 bp  67.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  97.37 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 300 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  67.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 306 bp  67.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  97.37 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    97.37 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  100 
 
 		 308 bp  67.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  67.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  82.73 
 
 		 359 bp  65.9  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 292 bp  63.9  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 309 bp  63.9  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  84.44 
 
 		 315 bp  63.9  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>