193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0030 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 309 bp  613  1e-173  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  90.28 
 
 		 348 bp  333  2e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  90.05 
 
 		 332 bp  224  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  85.86 
 
 		 354 bp  208  7e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  87.77 
 
 		 356 bp  184  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  84.03 
 
 		 348 bp  178  6e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  87.23 
 
 		 353 bp  178  6e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 339 bp  176  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  84.7 
 
 		 328 bp  174  9e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  86.39 
 
 		 328 bp  163  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  86.73 
 
 		 340 bp  159  6e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  85.86 
 
 		 326 bp  157  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 184 bp  153  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  84.82 
 
 		 333 bp  151  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  84.46 
 
 		 324 bp  145  8e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  85.11 
 
 		 427 bp  143  3e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  94.32 
 
 		 316 bp  135  7.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  83.74 
 
 		 334 bp  131  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  84.97 
 
 		 339 bp  131  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  81.61 
 
 		 345 bp  129  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  93.18 
 
 		 337 bp  127  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  82.9 
 
 		 317 bp  123  3e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  92.77 
 
 		 318 bp  117  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  92.77 
 
 		 352 bp  117  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    92.77 
 
 		 352 bp  117  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 312 bp  111  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  82.23 
 
 		 341 bp  105  7e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  88.64 
 
 		 338 bp  95.6  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  88.64 
 
 		 354 bp  95.6  7e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  89.02 
 
 		 369 bp  91.7  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  87.64 
 
 		 299 bp  89.7  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    91.36 
 
 		 303 bp  89.7  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    90.24 
 
 		 358 bp  83.8  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 303 bp  83.8  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 326 bp  81.8  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  88.61 
 
 		 328 bp  77.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 284 bp  75.8  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  80.42 
 
 		 325 bp  73.8  0.00000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  97.5 
 
 		 291 bp  71.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  82.14 
 
 		 298 bp  71.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  97.5 
 
 		 294 bp  71.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  86.84 
 
 		 326 bp  71.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 373 bp  71.9  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  97.44 
 
 		 297 bp  69.9  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 294 bp  69.9  0.0000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  89.39 
 
 		 120 bp  67.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  89.39 
 
 		 347 bp  67.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  89.39 
 
 		 347 bp  67.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  97.37 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  97.37 
 
 		 346 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  97.37 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 335 bp  65.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 299 bp  65.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 323 bp  65.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  93.33 
 
 		 297 bp  65.9  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    100 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  97.22 
 
 		 293 bp  63.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 292 bp  63.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 315 bp  63.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  97.22 
 
 		 349 bp  63.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    97.22 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 295 bp  63.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 322 bp  63.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 368 bp  61.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  94.87 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  86.42 
 
 		 338 bp  61.9  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 298 bp  61.9  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 302 bp  60  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 386 bp  60  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 305 bp  60  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  92.86 
 
 		 355 bp  60  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 299 bp  60  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    84.62 
 
 		 295 bp  60  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 312 bp  60  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    97.06 
 
 		 296 bp  60  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  100 
 
 		 350 bp  60  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 359 bp  60  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    97.06 
 
 		 296 bp  60  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 299 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  91.11 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>