168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeh_R0052 on replicon NC_007760
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 120 bp  238  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  238  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  238  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  95.83 
 
 		 328 bp  159  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  91.03 
 
 		 339 bp  91.7  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  86.96 
 
 		 357 bp  87.7  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  87.64 
 
 		 298 bp  81.8  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 335 bp  79.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  89.55 
 
 		 322 bp  77.8  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  86.36 
 
 		 299 bp  71.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  89.71 
 
 		 318 bp  71.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  89.71 
 
 		 352 bp  71.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    89.71 
 
 		 352 bp  71.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  100 
 
 		 350 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  69.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  69.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  84.62 
 
 		 338 bp  69.9  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  89.39 
 
 		 309 bp  67.9  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  87.88 
 
 		 332 bp  67.9  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 348 bp  67.9  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 302 bp  65.9  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    100 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  87.01 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    84.09 
 
 		 363 bp  63.9  0.000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    97.14 
 
 		 205 bp  61.9  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    97.14 
 
 		 205 bp  61.9  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 297 bp  61.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  97.14 
 
 		 302 bp  61.9  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 295 bp  61.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 301 bp  61.9  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 305 bp  61.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  97.14 
 
 		 303 bp  61.9  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  97.06 
 
 		 359 bp  60  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 386 bp  60  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 312 bp  60  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 305 bp  60  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 284 bp  60  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    85.71 
 
 		 320 bp  60  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 356 bp  60  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 427 bp  60  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  85.9 
 
 		 353 bp  60  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 302 bp  58  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    96.97 
 
 		 296 bp  58  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 369 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  96.97 
 
 		 292 bp  58  0.0000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 366 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 348 bp  58  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 418 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 355 bp  58  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 299 bp  58  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 368 bp  58  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 398 bp  58  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  96.97 
 
 		 365 bp  58  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 317 bp  58  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 374 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    96.97 
 
 		 296 bp  58  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 359 bp  58  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 326 bp  58  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 296 bp  58  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  96.88 
 
 		 293 bp  56  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 292 bp  56  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 291 bp  56  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  94.44 
 
 		 353 bp  56  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 294 bp  56  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    96.88 
 
 		 341 bp  56  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    96.88 
 
 		 295 bp  56  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  96.88 
 
 		 349 bp  56  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.88 
 
 		 296 bp  56  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 358 bp  56  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 300 bp  56  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 300 bp  56  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 300 bp  56  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  96.88 
 
 		 294 bp  56  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 352 bp  56  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 295 bp  56  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>