90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_12130 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 317 bp  628  1e-178  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  86.12 
 
 		 324 bp  208  7e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  88.71 
 
 		 354 bp  186  3e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 312 bp  170  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  84.82 
 
 		 316 bp  167  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  86.56 
 
 		 339 bp  165  9e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  85.86 
 
 		 348 bp  161  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  85.79 
 
 		 340 bp  159  6e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  84.34 
 
 		 341 bp  143  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  87.59 
 
 		 326 bp  137  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  84.49 
 
 		 356 bp  133  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  84.04 
 
 		 345 bp  127  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  84.49 
 
 		 353 bp  125  8e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  84.41 
 
 		 333 bp  123  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  82.9 
 
 		 309 bp  123  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  82.7 
 
 		 328 bp  113  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  90.32 
 
 		 348 bp  113  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  86.33 
 
 		 328 bp  111  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  85 
 
 		 334 bp  111  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 427 bp  111  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  89.89 
 
 		 337 bp  105  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  82.45 
 
 		 332 bp  97.6  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  82.2 
 
 		 339 bp  91.7  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 184 bp  89.7  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  79.5 
 
 		 299 bp  89.7  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  80.79 
 
 		 325 bp  85.7  0.000000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  82.96 
 
 		 338 bp  85.7  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  88.57 
 
 		 301 bp  75.8  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  91.94 
 
 		 313 bp  75.8  0.000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  85.56 
 
 		 354 bp  67.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  86.49 
 
 		 306 bp  67.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    87.69 
 
 		 320 bp  65.9  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 328 bp  65.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 318 bp  63.9  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 347 bp  63.9  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    84.09 
 
 		 352 bp  63.9  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  84.09 
 
 		 352 bp  63.9  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 345 bp  61.9  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 294 bp  58  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 332 bp  56  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  82.95 
 
 		 354 bp  56  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  82.95 
 
 		 369 bp  56  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 298 bp  56  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 312 bp  54  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  86.57 
 
 		 120 bp  54  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 343 bp  54  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 308 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  83.33 
 
 		 315 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.67 
 
 		 373 bp  52  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  83.33 
 
 		 326 bp  52  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    96.55 
 
 		 341 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0004  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 281 bp  50.1  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000603454  normal  0.0636822 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    96.55 
 
 		 293 bp  50.1  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 283 bp  50.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    82.89 
 
 		 350 bp  48.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 356 bp  48.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0027  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 285 bp  48.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.779763  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 332 bp  48.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 359 bp  48.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  100 
 
 		 359 bp  48.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  100 
 
 		 296 bp  48.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 298 bp  48.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 372 bp  48.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 304 bp  48.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 323 bp  48.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  100 
 
 		 302 bp  48.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 357 bp  48.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 294 bp  48.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 352 bp  48.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  100 
 
 		 346 bp  48.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 294 bp  48.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 333 bp  46.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    91.43 
 
 		 348 bp  46.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  93.55 
 
 		 347 bp  46.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 358 bp  46.1  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 304 bp  46.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  91.43 
 
 		 353 bp  46.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>