92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0068 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 372 bp  737    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  85.11 
 
 		 363 bp  143  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  89.17 
 
 		 297 bp  135  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    91.95 
 
 		 303 bp  117  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    85.71 
 
 		 358 bp  113  4.0000000000000004e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  91.36 
 
 		 326 bp  105  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    89.66 
 
 		 295 bp  101  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  91.03 
 
 		 303 bp  99.6  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  87.65 
 
 		 315 bp  81.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 356 bp  81.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  86.21 
 
 		 327 bp  77.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0033  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 272 bp  73.8  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399314  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 357 bp  73.8  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 315 bp  73.8  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 213 bp  71.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 313 bp  65.9  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 307 bp  63.9  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 358 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  83.52 
 
 		 398 bp  61.9  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  88.06 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    97.14 
 
 		 341 bp  61.9  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0028  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 270 bp  61.9  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 326 bp  60  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    97.06 
 
 		 296 bp  60  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    97.06 
 
 		 296 bp  60  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 333 bp  60  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 296 bp  60  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 333 bp  58  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 333 bp  58  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 354 bp  56  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 364 bp  56  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0056  RNase P class A  96.88 
 
 		 276 bp  56  0.000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.441573  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 332 bp  54  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  96.77 
 
 		 338 bp  54  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 352 bp  54  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  96.67 
 
 		 288 bp  52  0.0001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  96.67 
 
 		 396 bp  52  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 357 bp  52  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0025  RNA component of RNaseP  92.11 
 
 		 332 bp  52  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0097  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 346 bp  52  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_rnpBVIMSS1309406  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  92.11 
 
 		 333 bp  52  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  87.76 
 
 		 366 bp  50.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    92.68 
 
 		 330 bp  50.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  87.76 
 
 		 374 bp  50.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 328 bp  50.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  96.55 
 
 		 378 bp  50.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  96.55 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 332 bp  50.1  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  92.68 
 
 		 422 bp  50.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  87.76 
 
 		 369 bp  50.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  87.76 
 
 		 418 bp  50.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1797  bacterial RNase P, class A  100 
 
 		 380 bp  50.1  0.0004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.848087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 346 bp  50.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 284 bp  48.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  85.23 
 
 		 294 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  85.23 
 
 		 346 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 324 bp  48.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  96.43 
 
 		 317 bp  48.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 297 bp  48.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 299 bp  48.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 323 bp  48.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0005  RNase P class A  91.67 
 
 		 280 bp  48.1  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 328 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  93.75 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  93.75 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0005  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 280 bp  48.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.500328  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  85.23 
 
 		 294 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 322 bp  46.1  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  96.3 
 
 		 337 bp  46.1  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 184 bp  46.1  0.007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  89.74 
 
 		 373 bp  46.1  0.007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 342 bp  46.1  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 335 bp  46.1  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  89.74 
 
 		 291 bp  46.1  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>