83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0034 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 306 bp  607  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  83.46 
 
 		 301 bp  163  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  81.29 
 
 		 308 bp  123  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 301 bp  119  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  88.3 
 
 		 373 bp  99.6  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  92.86 
 
 		 340 bp  95.6  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 345 bp  75.8  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 312 bp  71.9  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 338 bp  69.9  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 345 bp  69.9  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  100 
 
 		 324 bp  69.9  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 333 bp  69.9  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 326 bp  69.9  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 328 bp  69.9  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  81.29 
 
 		 304 bp  69.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  86.49 
 
 		 317 bp  67.9  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 334 bp  65.9  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 326 bp  65.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  88.24 
 
 		 313 bp  63.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 339 bp  63.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  97.22 
 
 		 337 bp  63.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 312 bp  61.9  0.0000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  97.14 
 
 		 325 bp  61.9  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  61.9  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 184 bp  61.9  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  61.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 316 bp  61.9  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 323 bp  61.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 343 bp  61.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 341 bp  61.9  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  91.3 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  88.14 
 
 		 307 bp  56  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 305 bp  56  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 353 bp  54  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 356 bp  54  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0037  RNaseP RNA  94.29 
 
 		 347 bp  54  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    94.29 
 
 		 293 bp  54  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  86.44 
 
 		 357 bp  54  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0020  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  96.55 
 
 		 299 bp  50.1  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  86.79 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 298 bp  48.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 302 bp  48.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 332 bp  48.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  96.43 
 
 		 296 bp  48.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  86.76 
 
 		 339 bp  48.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    96.43 
 
 		 205 bp  48.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    96.43 
 
 		 205 bp  48.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    86.54 
 
 		 330 bp  48.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    96.43 
 
 		 295 bp  48.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    100 
 
 		 303 bp  48.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.3 
 
 		 296 bp  46.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  93.55 
 
 		 331 bp  46.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  96.3 
 
 		 302 bp  46.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0020  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 336 bp  46.1  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00784007  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 299 bp  46.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 309 bp  46.1  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 297 bp  46.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 329 bp  46.1  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  96.3 
 
 		 359 bp  46.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0051  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 290 bp  46.1  0.006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000411974  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 315 bp  46.1  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  96.3 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>