75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_R0039 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 341 bp  676    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  89.73 
 
 		 316 bp  246  3e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  88.35 
 
 		 334 bp  214  1e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  85.71 
 
 		 324 bp  184  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  87.37 
 
 		 345 bp  180  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  86.53 
 
 		 333 bp  172  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  87.05 
 
 		 354 bp  170  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  87.05 
 
 		 339 bp  168  5.9999999999999996e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  85.05 
 
 		 348 bp  147  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  84.74 
 
 		 356 bp  145  9e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  84.34 
 
 		 317 bp  143  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  84.82 
 
 		 353 bp  143  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  82.83 
 
 		 312 bp  131  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  84.83 
 
 		 325 bp  131  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  93.18 
 
 		 348 bp  127  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  83.59 
 
 		 340 bp  123  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  84.27 
 
 		 184 bp  121  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  92.05 
 
 		 339 bp  119  5e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  82.38 
 
 		 332 bp  113  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  82.46 
 
 		 338 bp  111  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  82.59 
 
 		 299 bp  105  8e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  82.23 
 
 		 309 bp  105  8e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  81.96 
 
 		 328 bp  105  8e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  85.03 
 
 		 337 bp  101  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  88.64 
 
 		 427 bp  95.6  8e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  83.22 
 
 		 328 bp  93.7  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  84.16 
 
 		 326 bp  79.8  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  89.83 
 
 		 318 bp  69.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  89.83 
 
 		 352 bp  69.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    89.83 
 
 		 352 bp  69.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  95.12 
 
 		 328 bp  65.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  85.19 
 
 		 304 bp  65.9  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 		 369 bp  65.9  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  89.09 
 
 		 354 bp  61.9  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0034  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 306 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0051  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 345 bp  60  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384072  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 294 bp  58  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 298 bp  56  0.000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0026  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 326 bp  54  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.344624 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  87.27 
 
 		 354 bp  54  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  83.33 
 
 		 315 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0059  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 343 bp  52  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0109691  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0013  RNA_RNaseP_classA  93.94 
 
 		 313 bp  50.1  0.0004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.336548  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    82.02 
 
 		 330 bp  50.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  85.51 
 
 		 284 bp  50.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1382  Bacterial RNase P class A  93.94 
 
 		 312 bp  50.1  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0043    91.89 
 
 		 293 bp  50.1  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00678643  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    96.43 
 
 		 303 bp  48.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 308 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    82.89 
 
 		 350 bp  48.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  84.21 
 
 		 332 bp  48.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  82.89 
 
 		 304 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  82.89 
 
 		 347 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    96.43 
 
 		 358 bp  48.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    96.43 
 
 		 341 bp  48.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  88.37 
 
 		 307 bp  46.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 373 bp  46.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 398 bp  46.1  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    83.15 
 
 		 348 bp  46.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  93.55 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 291 bp  46.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  91.43 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>